Задание 1. Сбор информации ферменте AOFB_HUMAN
| EC Number фермента | EC 1.4.3.4 Enzyme | |
|---|---|---|
| Класс | 1 Oxidoreductases | Оксидоредуктазы |
| Подкласс | 1.4 Acting on the CH-NH2 group of donors | Действующие на CH-NH2 донорную группу |
| Подподкласс | 1.4.3 With oxygen as acceptor |
С кислородм в качестве акцептора |
| Порядковый номер | 1.4.3.4 monoamine oxidase B (Amine oxidase [flavin-containing] B) | моноаминоксидаза В(флавин-содержащая аминоксидаза В) |
| Катализируемая реакция | RCH(2)NHR' + H(2)O + O(2) = RCHO + R'NH(2) + H(2)O(2) |
Задание 2. Hасколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
([swissprot-ECNumber:1*] & (([swissprot-Organism:Mus*] & [swissprot-Organism:musculus*]) | [swissprot-Organism:Mus musculus*]))
При поиске было найдено 543 белка. Из них номер EC=1.4 (т.е. совпадают класс и подкласс) имеют 18, 14 белков с ЕС=1.4.3, и с ЕС=1.4.3.4 всего 2 находки.
Fasta-последовательности найденных белков.
Таблица найденных белков: ЕС и ID.
Выравнивание , построенное с помощью bastp. При e-value = 10 нашлось 28 белков.
Начиная с белка OXLA_MOUSE выравниваются лишь небольшие куски, поэтому гомологичными можно считать только первые 6. Из них 2 (один из которых и есть заданный белок) имеют одинаковае ЕС, в остальных же случаях классификации почти полностью не совпадают. Самым близким, если рассматривать ЕС, становится OXLA_MOUSE (ЕС 1.4.3.2). Это вообще единственный фермент из 28 выровненных, у которых совпали хотя бы подклассы (не рассматривая те первые 2 с идентичными ЕС). В моем случае трудно судить о связи функции и сходства последовательностей.
Полная таблица , построенная на основании выравнивания.