Задание 1. В каких метаболических путях участвует фермент AOFB_HUMAN
Идентификатор гена моего фермента в базе данных KEGG - hsa:4129. В ней было найдено 12 метаболических путей ("Pathways"), ассоциированных с геном.
| hsa00260 | Glycine, serine and threonine metabolism | Метаболизм глицина, серина, треонина |
|---|---|---|
| hsa00330 | Arginine and proline metabolism | Метаболизм аргинина и пролина |
| hsa00340 | Histidine metabolism | Метаболизм гистидина |
| hsa00350 | Tyrosine metabolism | Метаболизм тирозина |
| hsa00360 | Phenylalanine metabolism | Метаболизм фенилаланина |
| hsa00380 | Tryptophan metabolism | Метаболизм триптофана |
| hsa00982 | Drug metabolism - cytochrome P450 | Метаболизм лекарств - посредством цитохрома P450 |
| hsa01100 | Metabolic pathways | метаболические пути |
| hsa04726 | Serotonergic synapse | Серотонинергический синапс |
| hsa04728 | Dopaminergic synapse | Дофаминергический синапс |
| hsa05030 | Cocaine addiction | Кокаиновая зависимость |
| hsa05031 | Amphetamine addiction | Амфетаминовая зависимость |
Задание 2.Найдите в KEGG структурные формулы заданных соединений
Заданы гипоксантин и аденин.
| Лиганд | Идентификатор | Структурная формула |
|---|---|---|
| Гипоксантин Hypoxanthine |
C00262 | 
|
| Аденин Adenine |
C00147 |  |
Задание 3. Метаболический путь от одного заданного вещества к другому.
Был нпйден всего лишь одна карта, содержащий данные вещества, если не брать во внимание общую карту метаболического пути.
Карта пуринового метаболизма: желтым- промежуточные соединения, красным - исходное, зеленым - конечное.
Карта: метаболизм пуринов
Путь: аденин --> гипоксантин
Наиболее короткое превращение - это непосредственно превращение аденина в гипоксантин, но для интереса на карте показано превращение с посредниками.
Задание 4. Сравнение метаболических путей у разных организмов
Будем рассматривать цепочку превращений с участием посредников.
| Организм | Цепочка реакций возможна (да/нет/неизвестно) |
Обоснование |
| Bacillus subtilis | длинного пути нет (но есть одностадийное превращение) |
Отсутствует 3.5.4.4, необходимый для 2 стадии |
| Archaeoglobus fulgidus | длинного пути нет (но есть одностадийное превращение) |
Отсутствуют все необходимые ферменты |
| Arabidopsis thaliana | нет (обоих) | Из трех необходимых есть только один, катализирующий 2 стадию |
| Homo sapiens | да (одностадийного нет) |
присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций Карта |
