Если коротко, то:
1. Получены системы:
|
Алгоритм
|
PDB
|
Наблюдения
|
Зависимость энергии
|
Зависимость длины связи
|
Время работы (c)
|
| метод Берендсена | et_be.pdb | константна заторможенная конформация; сначала вращения водородов около своих углеродов, потом с постепенно увеличивающейся скоростью вращение относительно связи С-С |  |
 |
4.187 |
| метод "Velocity rescale" | et_vr.pdb | константна заторможенная конформация; сначала длительное время изменяется лишь углы между углеродом и водородами, в конце недлительное вращение вокруг С-С связи |  |
 |
4.282 |
| метод Нуза-Хувера | et_nh.pdb | переход через заслоненную и заторможенную конформации без вращения относительно С-С; молекула неподвижна |  |
 |
4.311 |
| метод Андерсена | et_an.pdb | константна заторможенная конформация; молекула неподвижна, отсутствует вращение относительно С-С, незначительно меняются лишь длины сязей |  |
 |
4.131 |
| метод стохастической молекулярной динамики | et_sd.pdb | константна заторможенная конформация, вращение относительно С-С, постоянное движение молекулы, изменения углов НСН не происходит |  |
 |
4.811 |
я в процессе вывода, над ним работаем)