1. Используем файлы с данными по этану с 5 практикума: et.log .
2. C помощью babel делаем из него et-out.pdb
3. С помощью скрипта Ante_RED.pl подготовила pdb файл
4. B p2n файле, заряд молекулы =0, мультиплетность =1, переименовала p2n файл в Mol_red1.p2n .
5. Запустила RED-vIII.4.pl ---> получила файл: Mol_m1-o1.mol2 с координатами и зарядами.
6. Создание файла описания молекулы в формате пакета программ GROMACS, все расстояния переведены нанометры. Есть одна переменная - epsilon для водорода при расчете сил Ван-дер-Ваальса (глубина потенциальной ямы).
7. С помощью скрипта создала 7 файлов топологии с разными значениями переменной epsilon. В скрипт добавлены строчки для расчета молекулрной динамики для каждой топологии в 2 системах: жидкий и газообразный этан. С поощью g_energy посчитаны значения энергий, каждый из которых записан в своем файле.
Затем все значения энергий с помощью скрипта были извлечены из файлов и собраны в один (где g_{i} - газ с номером файла, из которого получены данные; l_{i} - жидкость)
8. Конертировала trr в pdb с помощью: trjconv_d -f v_3 -s v_3 -o v_3.pdb. Вначале было нечто вроде объемной решетки 4*4*3, в которой в узлах располагаются молекулы этана, а затем в последующих кадрах они хаотично разлетаются из своих узлов.
9. В жидкой фазе наибольший вклад вносят VdV взаимодействия, а кулоновские взаимодействия малы.В случае газообразной фазы - энергия VdV взаимодействий отличается от кулоновских лишь на порядок.
Учитывая что, экспериментальное значение энтальпии испарения 5.4 kJ/mol при Т=25 С, можно прикинуть значение epsilon как от 0.00462 до 0.00291