Рис1 "Молекула белка"
Название белка:adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferasa (аденозилметионин-8-амино-7-оксононаноат аминотрансфераза).
Нуклеотидная последовательность гена в формате fasta
Аминокислотная последовательность белка в формате fasta
Более подробная информация о белке приведена в Таблице1
_________________________________________________________________________________________________________________________
Таблица 2. Идентификаторы белка в различных базах данных.
В Uniprot первая информация о белке была представлена 18.05.2010. На данный момент в базе находится 26 версия,
последнее изменение было внесено 04.03.2015. Существенные изменения включали в себя смену идентификатора
белка, а также добавление 25 ссылок на другие базы данных. Кроме того, были добавлены ключевые слова Complete
proteome, Pyridoxal phosphate, Reference proteome
Рис.2 Изменение идентификатора белка
Рис.3 Добавление ссылок на другие базы данных и ключевых слов
Рис.4 Добавление информации об источнике в {} (информация из ENA)
Особенности белка в базе данных Uniprot представлена в поле FT.
На примере белка Афлатоксин В1 альдегид редуктазы (Aflatoxin B1 aldehyde reductase)
(участвует в защите печени человека от поражения токсинами) показано отражение в
записи двух особенностей: присутствия селеноцистеина (рис5) и наличия изоформ (рис 6)
Рис.5 Селеноцистеин
Рис.6 ИзоформыСравнительная таблица в формате excel
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | Dacet_1109 |
| Имя гена | /gene | - |
| Идентификатор гена в базе Gene | /db_xref="GeneID:..." | 8875457 |
| Начало гена в геноме | - | 1159998 |
| Конец гена в геноме | - | 1161323 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | - | обратная |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | - | 1326 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | YP_003503837.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | - | 441 |
Таблица 2. Идентификаторы белка в различных базах данных.
| База данных | Идентификатор |
| Uniprot | ID: D4H782_DENA2, AC: D4H782 |
| Uniref50 | UniRef50_T4VMW6 |
| RefSeq Proteins | YP_007078865.1 и ADD67881.1 |
| PDB | 3DOD |
В Uniprot первая информация о белке была представлена 18.05.2010. На данный момент в базе находится 26 версия,
последнее изменение было внесено 04.03.2015. Существенные изменения включали в себя смену идентификатора
белка, а также добавление 25 ссылок на другие базы данных. Кроме того, были добавлены ключевые слова Complete
proteome, Pyridoxal phosphate, Reference proteome
Рис.2 Изменение идентификатора белка
Рис.3 Добавление ссылок на другие базы данных и ключевых слов
Рис.4 Добавление информации об источнике в {} (информация из ENA)
Особенности белка в базе данных Uniprot представлена в поле FT.
На примере белка Афлатоксин В1 альдегид редуктазы (Aflatoxin B1 aldehyde reductase)
(участвует в защите печени человека от поражения токсинами) показано отражение в
записи двух особенностей: присутствия селеноцистеина (рис5) и наличия изоформ (рис 6)
Рис.5 Селеноцистеин
Рис.6 Изоформы