Описание области контакта белка и лиганда IZC в структуре 2G3F

Лиганды в структуре 2G3F

Лиганд(от лат. ligare — связывать) — атом, ион или молекула, связанные с неким центром (акцептором). В белке имидазолонпропионаза присутствуют лиганды в виде двух молекул имидазол-4-уксусной кислоты(IZC) и двух ионов цинка. (См. Рис.1, Рис.2)

Рис.1 Изображение имидазолонпропионазы, отображенное при
помощи программы Jmol. Белок и вода покрашены белым,
молекулы имидазол-4-уксусной кислоты покрашены синим и
выделены командой cpk. Ионы цинка покрашены красным и
выделены командой cpk.

Рис.2 Изображение лиганда белка имидазолонпропионазы,
отображенное при помощи программы Jmol. Размер
имидазол-4-уксусной кислоты(IZC) 0,579 nm.

Размер белка приблизительно составляет ~ 8.987х 4.601х 6.14 nm, а размер одной молекулы имидазол-4-уксусной кислоты(IZC) и одного иона цинка равен ~ 0.707х0.218х0.492 nm. Это означает, что лиганд занимает примерно 0,03% от всего объема белка.

Анализ области контакта белка из структуры PDB 2G3F и лиганда IZC

Лиганд IZC образует 3 водородные связи с данным белком, а точнее с остатками Glu252 и Arg89. См. Рис.3, Рис.5

Рис.3 Изображение лиганда белка имидазолонпропионазы,
отображенное при помощи программы Jmol. Лиганд покрашен зеленым
цветом, кислород-красным, азот-синим, измерены водородные связи

Также в белке присутствует 1 водородная связь с молекулой воды(НОН1739) См. Рис.4, Рис.5

Рис.4 Изображение лиганда белка имидазолонпропионазы,
отображенное при помощи программы Jmol. Лиганд покрашен зеленым
цветом, вода-белым, кислород-красным, азот-синим, измерена водородная связь

Рис.5 Изображение лиганда белка имидазолонпропионазы
на схеме. Остатки подписаны, пунктиром показаны водородные связи.

Получить все рисунки можно при помощи данного скрипта.