Описания программ

EMBOSS
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) - это пакет программ, созданный для нужд молекулярных биологов. Например, некоторые программы обеспечивают эффективный поиск необходимых последовательностей в базах данных, подключенных к EMBOSS.
Одна из команд пакета EMBOSS - это команда infoseq, которая позволяет получить информацию о записи белка.

Параметр Описание Пример

-outfile file.txt создает файл file.txt с содержанием информации о данном белке infoseq sw:huti_bacsu -outfile proverka.txt

-html выводит информацию о данном белке в виде таблицы HTML infoseq sw:huti_bacsu -html

-only позволяет сокращать выводимые данные до конкретных необходимых параметров infoseq sw:huti_bacsu -only -name

-[no]heading не отображает заголовки infoseq sw:huti_bacsu -noheading

Bash
Стандартные потоки:

№ потока Обозначение Название Описание

0 stdin стандартный поток ввода содержит информацию, вводимую с клавиатуры

1 stdout стандартный поток вывода выводит данные

2 stderr стандартный поток ошибок выводит диагностические сообщения

Способы перенаправления потока информации:

Символ Описание Пример

> направляет стандартный поток stdout в "file.txt", при этом, если файл не пустой, то вся предыдущая информация в нем стирается infoseq sw:huti_bacsu>file.txt

>> направляет стандартный поток stdout в "file.txt", при этое если файл не пустой, то предыдущая информация в нем не стирается infoseq sw:huti_bacsu>>file.txt

>& направляет стандартный поток stdout и стандартный поток stderr в "file.txt" -..-

2> направляет стандартный поток stderr в "file.txt", при этом, если файл не пустой, то вся предыдущая информация в нем стирается -..-

2>> направляет стандартный поток stderr в "file.txt", при этое если файл не пустой, то предыдущая информация в нем не стирается -..-

| направляет стандартный поток stdout одной команды на стандартный поток stdin другой -..-

Специальные символы:

Символ Описание

Табуляция и пробел отделяют один параметр от другого

> < работа со стандартными потоками

~ переход в домашнюю директорию текущего пользователя

/ переход в корневую директорию

* любой символ(может использоваться для расширенного поиска)

Параметр	Описание	Пример
-outfile file.txt	создает файл file.txt с содержанием информации о данном белке	infoseq sw:huti_bacsu -outfile proverka.txt
-html	выводит информацию о данном белке в виде таблицы HTML	infoseq sw:huti_bacsu -html
-only	позволяет сокращать выводимые данные до конкретных необходимых параметров	infoseq sw:huti_bacsu -only -name
-[no]heading	не отображает заголовки	infoseq sw:huti_bacsu -noheading

№ потока	Обозначение	Название	Описание
0	stdin	стандартный поток ввода	содержит информацию, вводимую с клавиатуры
1	stdout	стандартный поток вывода	выводит данные
2	stderr	стандартный поток ошибок	выводит диагностические сообщения

Символ	Описание	Пример
>	направляет стандартный поток stdout в "file.txt", при этом, если файл не пустой, то вся предыдущая информация в нем стирается	infoseq sw:huti_bacsu>file.txt
>>	направляет стандартный поток stdout в "file.txt", при этое если файл не пустой, то предыдущая информация в нем не стирается	infoseq sw:huti_bacsu>>file.txt
>&	направляет стандартный поток stdout и стандартный поток stderr в "file.txt"	-..-
2>	направляет стандартный поток stderr в "file.txt", при этом, если файл не пустой, то вся предыдущая информация в нем стирается	-..-
2>>	направляет стандартный поток stderr в "file.txt", при этое если файл не пустой, то предыдущая информация в нем не стирается	-..-
\|	направляет стандартный поток stdout одной команды на стандартный поток stdin другой	-..-

Символ	Описание
Табуляция и пробел	отделяют один параметр от другого
> <	работа со стандартными потоками
~	переход в домашнюю директорию текущего пользователя
/	переход в корневую директорию
*	любой символ(может использоваться для расширенного поиска)