Составление семейства гомологов посредством PSI-BLAST.
PSI-BLAST - это алгоритм, который предназначен для поиска гомологов белка по позиционно специфической матрице (PSSM). Он ищет оптимальные выравнивания для группы гомологов путем итераций. Поиск PSI-BLAST был выполнен для белка с ID Q47404.
Для составления семейства гомологов этого белка было выполнено три итерации PSI-BLAST. Полная стабилизация произошла уже после четвертой итерации. Результат представлен в Таблице 1.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 32 | WP_017276226.1 | 2e-06 | XP_002590897.1 | 1.8 |
| 2 | 36 | WP_019621026.1 | 0.001 | YP_001039094.1 | 0.011 |
| 3 | 68 | XP_608246.4 | 2e-04 | XP_002829829.1 | 4.6 |
| 4 | 69 | XP_003221050.1 | 2e-06 | XP_003443164.1 | 0.005 |
| 5 | 69 | XP_003221050.1 | 1e-05 | XP_003443164.1 | 0.007 |
| 6 | 69 | XP_003905673.1 | 2e-10 | XP_003443164.1 | 0.015 |
| 7 | 69 | XP_003905673.1 | 2e-10 | XP_003443164.1 | 0.017 |
Рис.1 Выше последовательности, покрашеной в зеленый цвет расположено выравнивание MUSCLE, ниже - MEME. Окраска в соответствии с моей цветовой схемой(см.пр8).