Гомологичные последовательности называют ортологичными, если к их разделению привел акт видообразования: если ген существует у некоего вида, который дивергирует с образованием двух видов, то копии этого гена у дочерних видов называются ортологами.
С помощью базы данных Uniprot были получены данные о белке HUTI_BACSU и двух его ортологах. Эту информацию можно посмотреть в таблице.
Некоторая информация о белке:
Белок имидазолонпропионаза является ферментом, принадлежащим к семейству гидролаз. Он участвует в процессе гидролиза, воздействуя на непептидную углерод-азотную связь. Также принимает участие в метаболизме гистидина.
e. Какие ионы связываются с белком?
С данным белком могут связываться металлы, такие как цинк или железо.
m. Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS.
Второй альфа-спиралью являются аминокислотные остатки 90-92. При вводе команды seqret -sbegin 90 -send 92 sw:huti_bacsu получаем последовательность EKE
n. Последовательность 3-ого бета-тяжа, полученная с помощью команды seqret пакета EMBOSS.
Третьим бета-тяжем являются аминокислотные остатки 46-52. При вводе аналогичной команды получаем последовательность KIVFAGQ