Парное выравнивание белков

Задание №1.
С помощью скрипта были получены три мутантных фрагмента последовательности белка HUTI_BACSU длиной в 20 остатков. Скрипт вводился в Putty командой
perl evolve_protein.pl -i 2G3F.fasta -o result.txt
Выводы скрипта мутант№1, мутант№2, мутант№3.
Параметры этих мутантов:
Параметр Мутант№1 Мутант№2 Мутант№3
Вероятность изменения остатка (моделирующая "ошибку" ДНК-полимеразы) 0,6 0,6 0,4
Вероятность замены остатка в случае, если данная позиция будет изменена 0,6 0,8 0,8

Мутант №1.


Рис.1 Аминокислотные остатки с 381 по 402. Верхняя строчка-исходный белок, нижняя-мутировавший фрагмент.


Мутант №2.


Рис.2 Аминокислотные остатки с 155 по 176. Верхняя строчка-исходный белок, нижняя-мутировавший фрагмент.


Мутант №3.


Рис.3 Аминокислотные остатки с 271 по 290. Верхняя строчка-исходный белок, нижняя-мутировавший фрагмент.



Некоторая информация об этих мутантах:
Мутант Идентичность Сходство Вес по BLOSUM62
1 55% 65% 49
2 40% 45% 27
3 80% 85% 71

Задание №2.
Для составления выравнивания последовательности белка HUTI_BACSU с последовательностями двух его ортологов HUTI_BACA2 и HUTI_BACCQ был составлен fasta файл со всеми тремя последовательностями. Для выравнивания использовалась функция Web services => Alignment => Muscle with default.Получилось тройное выравнивание. Далее были составлены fasta файлы, содержащие выровненные последовательности белков попарно. (HUTI_BACSU+HUTI_BACA2;HUTI_BACSU+HUTI_BACCQ;HUTI_BACCQ+HUTI_BACA2).
С помощью команды infoalign была получена информация об этих выравниваниях:
HUTI_BACSU+HUTI_BACA2
HUTI_BACSU+HUTI_BACCQ
HUTI_BACCQ+HUTI_BACA2
Тройное выравнивание, с окраской ClustalX(см Рис.4). Окрашены те участки, где совпадают хотя бы две аминокислоты разных последовательностей.


Рис.4 Аминокислотные остатки с 348 по 368. Верхняя строчка-HUTI_BACSU, средняя-HUTI_BACA2, нижняя-HUTI_BACCQ.

© Андреева Анна, 2012 (Последнее исправление: 14.02.2014)