BLAST

Поиск гипотетических гомологов белка HUTI_BACSU в разных банках.

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка HUTI_BACSU

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)
Accession	P42084.1	2BB0_A	NP_391816.1
E-value	0.0	0.0	0.0
Вес (в битах)	862	862	862
Процент идентичности	100%	100%	100%
2. Число находок с E-value < 10–10	234	4	2902
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	359	58	5697
Accession	Q39US3.2	3D6N_A	WP_007430791.1
E-value	0.99	0.80	0.99
Вес (в битах)	35.0	32.0	40.8
% идентичности	57%	50%	29%
% сходства	63%	55%	39%
Длина выравнивания	30	49	174
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	63-92 в запросе, 44-73 в находке	35-83 в запросе, 16-60 в находке	272-419 в запросе, 251-419 в находке
Число гэпов	0	4	31

Как видно из этой таблицы, мне удалось найти гомологи белка HUTI_BACSU, а также и PDB структуры гомологов белка. Количество находок различно, так как банк PDB включает в себя меньше всего находок(потому что в нем только изученные структуры белков), а nr самое большое число находок(так как в нем находятся еще и предсказанные белки).

Поиск гипотетических гомологов белка HUTI_BACSU с фильтром по таксонам.
С помощью прогрмаммы BLAST был произведен поиск гомологов белка по таксонам в других систематических группах. Максимально далекие гомологи расположены в таксоне Eukaryota. Результат поиска представлен в Таблице 2.
Таблица 2.

	Поиск по Swiss-Prot
Accession	Q7SXK5.2
E-value	2e-77
Вес (в битах)	251
% идентичности	38%
% сходства	56%
Длина выравнивания	400
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	11-398 в запросе, 12-408 в находке
Число гэпов	15

BLAST двух последовательностей.
Парное выравнивание исходного белка и гомолога по SwissProt.

Рис.1 Результаты выравнивания при e-value = 10.

Рис.2 Результаты выравнивания при e-value = 0,01.