Составление репрезентативной выборки гомологов белка HUTI_BACSU с помощью BLAST.
С помощью алгоритма BLAST было получено 4224 гомологов белка HUTI_BACSU. Выборка проводилась по всем таксонам живых организмов, за исключением филума Firmicutes,
к которому относится Bacillus subtilis. Параметры поиска приведены в Таблице 1.
Таблица 1.
Далее было отобрано 20 белков для сравнения с HUTI_BACSU. Данные об организмах, которые содержат эти белки, находятся в
Таблице 2.
Таблица 2.
На рисунках 1 и 2 изображены таксономические деревья, которые демонстрируют родство гомологов белка HUTI_BACSU среди Bacteria и Eukaryota соответственно.
Рис.1 Таксономическое дерево организмов, в которых найдены гомологи белка среди Eukaryota. В скобках написано число организмов в каждом таксоне.
Рис.2 Таксономическое дерево организмов, в которых найдены гомологи белка среди Bacteria. В скобках написано число организмов в каждом таксоне.
Рис.3 Множественное выравнивание гомологов белка HUTI_BACSU. Окрашены лишь те участки, где процент совпадания >25%. Гидрофобные алифатические остатки окрашены синим, гидрофобные ароматические - красным, гидрофильные заряженные (-) -
голубым, гидрофильные заряженные (+) - розовым, гидрофильные незаряженные - зеленым. Альфа-спирали окрашены красным, а бета-листы - салатовым.
Рис.4 Белок HUTI_BACSU, визуализированный при помощи команды JMol. Командой cpk выделены остатки, контактирующие
с лигандом. Розовым покрашен Arg 89, сиреневым - Glu 252.