Паттерны и банк PROSITE

Встречаемость слова "alice" в банке SwissProt.

Для того, чтобы предсказать количество слов "alice" в банке SwissProt, нужно умножить процент встречаемости каждой буквы (аминокислоты) на количество всех аминокислотных остатков, содержащихся в банке.
0,0825х0,0966х0,0596х0,0137х0,0675х191670831=84,19
Таким образом слово "alice" может встретиться 84 раза.
С помощью поиска по Prosite было найдено точное число встречаемости слова "alice" равное 94.
Такая небольшая разница между первым и вторым ответом говорит о том, что последовательность ALICE не несет функциональной нагрузки.

Поиск вероятных гомологов белка HUTI_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов

Были созданы два паттерна - сильный и слабый, информация о которых приведена в Таблице 1.
Таблица 1.

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Сколько последовательностей из вашего выравнивания найдено?
Сильный	x-G-[VT]-T-x-[VI]-E-x-K-S-G-Y-G-L-x(2)-[EDP]-x-E-x-[KMR]-[MQ]-L-x-V	60	3
Слабый	x-G-x-T-x-x-E-x-K-S-G-Y-G-L-x(2)-x(5)-[MQ]-L-x-V	114	4

Мотивы PROSITE в последовательности белка HUTI_BACSU

Мотивs - это набор консервативных участков, важных для функции белка и отвечающих за вторичную структуру. С помощью банка Prosite можно найти мотивы в определенном белке. Результаты поиска мотивов в белке HUTI_BACSU представлены в Таблице 2.
Таблица 2.

Идентификатор документа Prosite (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи	Паттерн	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	Паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	Неспецифична	2
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназы	Паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	Неспецифична	3
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозинкиназы	Паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	Неспецифична	3
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназы С	Паттерн	[ST]-x-[RK]	Неспецифична	2
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	Паттерн	N-{P}-[ST]-{P}	Неспецифична	5

Можно также заметить, что для белка HUTI_BACSU специфические мотивы не были найдены.