Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Был проведен поиск по заданному фрагменту ДНК по алгоритму megablast и базе refseq_genomic. Ниже приведены соответствующая картинка и информация о находке:

Организм - Methanocaldococcus vulcanius
AC - NC_013407.1
Координаты данного фрагмента - 1145-1444
Не является кодирующим

Поиск гомолога белка человека в слоне

Чтобы получить файл с белками человека, название которых начинается с буквы А, воспользуемся командой
infoseq sw:a*_human -only -name -desc -out file_name.txt
Из этого списка был выбран белок AKND1_HUMAN Protein AKNAD1. Получим его последовательность командой
seqret sw:aknd1_human -auto
По полученной записи проведем поиск гомологов у африканского слона (Loxodonta africana).
При поиске на сайте ENA выберем чекбокс "spliced translated nucleotide search" – это позволит искать не отдельные экзоны, а белок полностью.

Информация о лучшей находке:

e-value	Длина выравнивания	Identity	Координаты в геноме Loxodonta africana	Количество интронов
2e-140	395	63%	53627624-53623463	2

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Полный геном бактерии был получен из SRC, так как Putty не выдает результат команды entret embl. Полный геном моей бактерии - genome.txt.
тРНК была вырезана с помощью команды seqret -sask
По полученной последовательности был проведен поиск в порядке Alteromonadales, к которому относится данная бактерия. Это было сделано тремя способами:

Способ	megablast	blastn	blastn (wordsize=7), (match/missmatch = 1,-1)
Число находок с e-value<0,001	2	56	56

Megablast предназначен для поиска последовательностей с очень высоким процентом сходства, поэтому он дает меньше находок, чем blastn, который является более чувствительным алгоритмом.