Комплексы ДНК-белок

Поиск ДНК-белковых контактов в структуре 1H9T.

При помощи команды define JMol были заданы следующие множества атомов:

1.Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы
2.Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты
3.Множество атомов азота в азотистых основаниях

Чтобы увидеть, как это было сделано, скачайте скрипт, который сначала выдает всю структуру, затем только ДНК в проволочной модели, а затем цветными шариками выделены атомы входящие в вышеперечисленные множества.

Далее исследуем контакты белка с ДНК в структуре 1H9T. Результаты, полученные при помощи скрипта, приведены в таблице ниже.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	8	42	50
остатками фосфорной кислоты	19	16	35
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	9	12	21
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	5	6

Популярная схема ДНК-белковых контактов
С помошью команды nucplot в Putty можно получить популярную схему контактов ДНК с белком в виде файла ps.

nucplot 1H9T_old.pdb

Рис.1 Популярная схема ДНК-белковых контактов в структуре 1H9T.

Рис.2 Контакты His65 с G6 и G16, визуализированные при помощи JMol.

Рис.2 Контакт Thr46 с G10, визуализированный при помощи JMol.

• С помощью программы find_pair пакета 3DNA
• С помощью программы einverted пакета EMBOSS
• С помщью алгоритма Зукера

SEQUENCE: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
                    3 cccca 7       
                      |||||
                   69 ggggt 65