Построение профиля
Для построения профиля были выбраны последовательности из группы А2 (предыдущий практикум).
Затем при помощи пакета программ HMMER 3.0 был получен и откалиброван профиль для подсемейства P2.
hmmbuild align.hmm old.stk
Был выполнен поиск по всем белкам, содержащим домен, по созданному профилю.
hmmsearch -o search.txt align.hmm 1.fasta
Далее была проведена оценка работы профиля, оценены таки параметры как чувствительность и избирательность. Результат поиска по профилю, а также выполненные расчеты можно найти в таблице excel.
Порог на E-value: 0,0001 TP 8 FP 1759 TN 3455 FN 0 R (чувствительность) 1 PPV (избирательность) 0,004527448
Порог на E-value 2.8e-75 TP 8 FP 6 TN 5208 FN 0 R (чувствительность) 1 PPV (избирательность) 0,571428571
Во втором случае e-value выбран по нижней границе золотого стандарта.