Алгоритмы реконструкции деревьев

Укоренение в среднюю точку

Дерево семи видов бактерий, построенное JalView, было укоренено в среднюю точку с использованием программы retree. Полученный файл был визуализирован программой MEGA.

Рис.1 Исходное филогенетическое дерево выбранных организмов в прямоугольной форме.

Рис.2 Полученное филогенетическое дерево выбранных организмов в прямоугольной форме.

Укоренение произошло в ветвь {BACAN,GEOKA,LISMO,STRPN} vs {CLOB1,FINM2,LACDA}.
Это укоренение не совсем верное, было бы лучше, если бы укоренение произошло в ветвь {CLOB1,FINM2} vs {BACAN,GEOKA,LISMO,STRPN,LACDA}
Использование внешней группы

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") нельзя укоренить в среднюю точку. В этом случае используется внешняя группа.
К выравниванию рибосомного белка S2 семи выбранных видов бактерий была добавлена последовательность того же белка из E. coli, выравнивание было проведено программой MUSCLE.(См. Рис.2)

Рис.3 Выравнивание последовательностей RS2 семи выбранных бактерий и E. coli.

Далее это выравнивание в формате fasta было импортировано в программу MEGA, и по нему было реконструировано дерево. Затем из этого дерева была удалена ветвь с E. coli.(См. Рис.4)

Рис.4 Изображение укоренённого дерева без E. coli.

Дерево было укоренено в ветвь: {FINM2} vs {LISMO,BACAN,GEOKA,LACDA,STRPN,CLOB1}, это укоренение является неправильным.

Бутстрэп

Провели бутстрэп-анализ белков с числом реплик, равным 100. Дерево было построено методом Maximum Parsimony. Программа выдала два дерева - "Original tree" и "Bootstrap consensus tree"

Рис.5 Оригинальное дерево.

Рис.6 Дерево бутстрэпа.

Оба дерева не укорененные, но если их укоренить, то они не будут отличаться от правильного, все ветви присутствуют на всех трех деревьях.