Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги.

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

В таблице для каждой бактерии представлены AC записи EMBL, в которой нашлась последовательность 16S rRNA, координаты этой РНК в этой записи, на прямой или комплементарной последовательности оказалась последовательность этой рРНК.

Название Мнемоника AC записи EMBL Координаты РНК Цепь
Bacillus anthracis BACAN AE015927 8715..10233 Обратная
Clostridium botulinum CLOB1 CP000726 9282..10783 Прямая
Finegoldia magna FINM2 AP008971 611796..613319 Прямая
Geobacillus kaustophilus GEOKA BA000043 10421..11973 Прямая
Lactobacillus delbrueckii LACDA CR954253 45160..46720 Прямая
Listeria monocytogenes LISMO AL591981 99187..100732 Обратная
Streptococcus pneumoniae STRPN AE005672 15353..16895 Прямая


Последовательности были выровнены программой Muscle (with Defaults) в JalView. Затем выравнивание было импортировано в программу MEGA, с помощью которой было реконструировано филогенетическое дерево методом Neighbor Joining.



Рис.1 Neigbour joining tree of 16S rRNA


Полученное дерево не очень похоже на правильное, и имеет с ним только две одинаковые ветви.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

С помощью программы blastp среди выбранных видов были найдены гомологи бекла CLPX_BACSU. По их выравниванию было построено дерево.
blastp -task blastp -query clpx_bacsu.fasta -db proteo.fasta -evalue 0.001
Найденные последовательности выровненных гомологов из выбранных бактерий. По этому выравниванию методом Neigbour joining было построено дерево:


Рис.2 Дерево гомологов бекла CLPX_BACSU из выбанных бактерий.


Как видно из Рис.2 B1SHF4_BACAN и B0AWL5_BACAN - паралоги, а CLPX_BACAN и CLPX_GEOKA - ортологи.

© Андреева Анна, 2012 (Последнее исправление: 15.05.2014)