Сбор информации о моем ферменте
Идентификатор белка - P23141. Это Liver carboxylesterase 1 или карбоксилэстераза печени 1.
Этот фермент отвечает за гидролиз ароматической и алифатической сложноэфирной связи. Участвует в детоксификации ксенобиотиков. Гидролизует метильную эфирную группу
кокаина. Его ЕС-код: 3.1.1.1, 3.1.1.56. Это означает, что данный фермент относится к классу гидролаз, подклассу гидролаз,
действующих на сложноэфирные связи, подподклассу карбоксэстераз. Порядковые номера: 1 - кокаин карбоксэстераза, 56 - метиламбеллиферилацетатдеацетилаза.
Схема реакций:
3.1.1.1 - A carboxylic ester + H(2)O <=> an alcohol + a carboxylate
3.1.1.56 - 4-methylumbelliferyl acetate + H(2)O <=> 4-methylumbelliferone + acetate
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot
С помощью SRS было выяснено, сколько белков с такими классом, подклассом, подподклассом и порядковым номером у человека:
3.*.*.* - 1684117
3.1.*.* - 508390
3.1.1.* - 53649
3.1.1.1 - 2295
3.1.1.56 - 3
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями
С помощью UniProt был получен список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым моего фермента фермента.
Полученный результат был сохранен в виде двух файлов: c последовательностями в Fasta-формате и текстовая таблица.
3.*.*.* - 1728
3.1.*.* - 629
3.1.1.* - 94
3.1.1.1 - 8
3.1.1.56 - 0
Таким образом было найдено 9 белков:
| AC | ID | e-value | EC |
| Q8VCT4 | CES1D_MOUSE | 0.0 | 3.1.1.1
3.1.1.67 |
| Q64176 | EST1E_MOUSE | 0.0 | 3.1.1.1 |
| Q8VCC2 | EST1_MOUSE | 0.0 | 3.1.1.1 |
| P23953 | EST1C_MOUSE | 0.0 | 3.1.1.1 |
| Q924V7 | Q924V7_MOUSE | 2e-165 | 3.1.1.1 |
| Q8BK48 | EST2E_MOUSE | 3e-160 | 3.1.1.88 |
| Q8R0W5 | EST4A_MOUSE | 2e-158 | 3.1.1.- |
| Q91WG0 | EST2C_MOUSE | 6e-155 | 3.1.1.28 |
| Q6AW46 | EST5A_MOUSE | 8e-151 | 3.1.1.1 |
| Q8QZR3 | EST2A_MOUSE | 1e-150 | 3.1.1.88 |
| Q8VCU1 | EST3B_MOUSE | 6e-145 | 3.1.1.1 |
| Q63880 | EST3A_MOUSE | 2e-141 | 3.1.1.1 |
| P21836 | ACES_MOUSE | 1e-71 | 3.1.1.7 |
| Q03311 | CHLE_MOUSE | 3e-71 | 3.1.1.8 |
| Q64285 | CEL_MOUSE | 3e-64 | 3.1.1.13
3.1.1.3 |
| Q99PG0 | AAAD_MOUSE | 4e-06 | 3.1.1.3 |
| Q8BM81 | ADCL4_MOUSE | 3e-04 | 3.1.1.- |
| Q8BLF1 | NCEH1_MOUSE | 3e-04 | 3.1.1.- |
| A2A7Z8 | ADCL3_MOUSE | 6e-04 | 3.1.1.- |
| Q8C5L6 | INP5K_MOUSE | 0.20 | 3.1.3.56 |