ГЛАВНАЯ СТРАНИЦА
Второй семестр

Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Участок выравнивания

*

1

4

0

*

T

H

I

M

2

_

S

T

R

R

:

D

Y

R

P

T

V

L

K

G

N

M

S

E

I

R

S

L

V

G

-

L

K

H

H

G

V

G

V

D

A

S

:

1

3

8

T

H

I

M

2

_

C

L

O

B

:

E

C

H

P

N

V

I

K

G

N

M

S

E

I

K

A

I

Y

G

-

I

K

S

S

A

K

G

I

D

V

G

:

1

3

7

T

H

I

M

E

_

S

Y

M

T

:

R

V

R

V

T

A

V

R

G

N

A

G

E

I

L

A

L

A

G

-

R

D

G

L

V

R

G

V

D

G

P

:

1

3

8

T

H

I

M

_

B

U

R

P

1

:

A

L

R

P

T

V

I

R

G

N

A

S

E

L

I

A

L

A

G

-

G

T

A

A

G

K

G

V

D

T

T

:

1

4

8

T

H

I

M

_

B

A

C

S

U

:

E

V

R

L

A

A

I

R

G

N

A

A

E

I

A

H

T

V

G

V

T

D

W

L

I

K

G

V

D

A

G

:

1

4

4

T

H

I

M

_

L

E

P

I

N

:

N

F

K

P

T

V

I

R

G

N

A

S

E

I

L

A

L

A

G

-

T

D

G

G

G

K

G

V

D

S

T

:

1

5

2

6

4

G

N

E

6

G

G

6

D

на изображении приведен участок выравнивания, по которому строились паттерны (необходимый участок ограничен столбцами аминокислот, выделенных желтым цветом)

Ссылка на картинку

Поиск белков по паттернам в банке Swiss-Prot

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	I-R-G-N-A-A-E-I-A-H-T-V-G-V-T-D-W-L-I-K-G-V-D	1	найден только белок THIM_Bacsu, участок последовательности которого и был выбран в качестве паттерна
Сильный	[LIV]-[KR]-G-N-[MA]-[SGA]-E-[IL]-[RKLIA]-[SAH]-[ILT]-[VYA]-G-x(0,1)-[LIRGT]-[KDT]-[HSGAW]-[HSLAG]-[GAVI]-[VKR]-G-[VI]-D	26	да, но найдены и другие белки, не представленные в моем выравнивании
Слабый	[LIV]-[KR]-G-N-[MA]-[SGA]-E-[IL]-X-[SAH]-[ILT]-[VYA]-G-x(0,1)-X(5)-[VKR]-G-[VIL]-D	105	да, но найдены и другие белки, не представленные в моем выравнивании

Все описанные в PROSITE мотивы в белке THIM_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования цАМФ-и цГМФ-зависимой протеинкиназы	паттерн	`[RK](2) - x - [ST]`	неспецифична	1
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	сайт N-гликозилирования	Паттерн	`N - {P} - [ST] - {P}`	неспецифична	1
PS00017	ATP_GTP_A	ATP / ГТФ-связывающий мотив (С-петля)	Паттерн	`[AG] - x(4) - G - K - [ST]`	неспецифична	1
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин киназы II	Паттерн	`[ST] - x(2) - [DE]`	неспецифична	4
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназы С	Паттерн	`[ST] - x - [RK]`	неспецифична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	Паттерн	`G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}`	неспецифична	3