Третий семестр

A-, B- и Z-форма ДНК. Структура РНК.

  1. Моделирование структур A-, B- и Z-форм ДНК

    2. Файлы, полученные при использовании программы fiber пакета 3DNA, можно просмотреть по ссылкам:
    gatc-a.pdb
    gatc-b.pdb
    gatc-z.pdb
  2. Исследование структур нуклеиновых кислот при помощи средств RasMol

    3.   выделен сахарофосфатный остов выделены все нуклеотиды выделены только гуанины выделены атомы N7 в каждом гуанине выделены атомы N7 в каждом гуанине
    А-ДНК
    B-ДНК
    Z-ДНК  

    Выше приведенные изображения были получены при использовании скрипта:
    dna_rna.spt*
    _______________
    dna_rna.spt*-как видно из текста скрипта, в нем отсутсвуют команды zap и load, т.к. при отсутствии этих команд этот скрипт можно использовать для любого pdb файла
    _______________
  3. Данные рентгеноструктурного анализа для:
    4. 1h9t.pdb
    2cv1.pdb
  4. Разрывы в ДНК и РНК
    5. В данных структурах ДНК, РНК отсутствуют разрывы.
    Координаты атомов только ДНК, РНК приведены в файлах:
    dna.pdb
    rna.pdb
  5. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.
  6. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA