Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive
bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step.

Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those
outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and
inter-strand overlap is designated according to the following diagram:

                    i2  3'      5' j2
                       /|\      |
                        |       |
               Strand I |       | II
                        |       |
                        |       |
                        |      \|/
                    i1  5'      3' j1

     step      i1-i2        i1-j2        j1-i2        j1-j2        sum
   1 GG/UC  1.25( 0.15)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.42( 0.00)  2.67( 0.15)
   2 GC/GU  7.06( 4.45)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.41( 3.81) 13.48( 8.26)
   3 CC/GG  0.11( 0.00)  0.00( 0.00)  0.35( 0.00)  3.20( 1.76)  3.65( 1.76)
   4 CC/GG  0.17( 0.00)  0.00( 0.00)  0.23( 0.00)  3.65( 2.26)  4.06( 2.26)
   5 CC/GG  0.98( 0.18)  0.00( 0.00)  0.03( 0.00)  2.53( 1.08)  3.54( 1.25)
   6 CA/UG  0.21( 0.00)  0.00( 0.00)  1.33( 0.10)  0.75( 0.07)  2.29( 0.17)
   7 AG/CU  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.50( 0.24)  1.50( 0.24)
   8 GG/CC  2.59( 1.07)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.40( 0.75)  4.99( 1.82)
   9 GG/CC  4.29( 3.00)  0.00( 0.00)  0.03( 0.00)  0.63( 0.00)  4.94( 3.00)
  10 GG/CC  3.63( 2.33)  0.00( 0.00)  0.17( 0.00)  0.10( 0.00)  3.91( 2.33)
  11 GG/CC  4.14( 2.50)  0.00( 0.00)  0.55( 0.00)  0.00( 0.00)  4.70( 2.50)
  12 GU/AC  6.60( 3.78)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  2.06( 0.26)  8.66( 4.04)
  13 UU/GA  5.42( 2.56)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.64( 1.99) 10.05( 4.55)
  14 UG/CG  0.00( 0.00)  0.39( 0.00)  0.55( 0.00)  1.06( 0.01)  2.00( 0.01)
  15 GU/CC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)
  16 UA/GC  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  5.54( 2.19)  0.00( 0.00)  5.54( 2.19)
  17 AU/AG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.06( 1.72)  4.06( 1.72)
  18 UG/UA  0.00( 0.00)  2.57( 0.20)  6.41( 4.80)  0.00( 0.00)  8.98( 5.00)
  19 GG/CU  2.51( 1.02)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.17( 0.02)  3.69( 1.04)
  20 GA/UC  3.70( 2.23)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  3.70( 2.23)
  21 AC/GU  3.53( 2.12)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.99( 2.30)  8.52( 4.42)
  22 CG/AG  1.13( 0.67)  0.00( 0.00)  0.58( 0.00)  0.00( 0.00)  1.71( 0.67)
  23 GC/GA  5.75( 2.82)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  1.60( 0.00)  7.35( 2.82)
  24 CG/CG  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.94( 2.16)  0.00( 0.00)  4.94( 2.16)
  25 GG/CC  2.84( 1.31)  0.00( 0.00)  1.06( 0.00)  0.00( 0.00)  3.91( 1.31)
  26 GC/GC  6.78( 3.83)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  6.83( 3.68) 13.61( 7.51)
  27 CC/GG  0.71( 0.00)  0.00( 0.00)  0.48( 0.00)  2.70( 1.19)  3.90( 1.19)
  28 CC/AG  5.36( 2.29)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  4.47( 2.30)  9.84( 4.59)