На главную

Работа в PyMol.

  1. Sculpting

    2. Molecular sculpting представляет собой средство PyMol для оптимизации трехмерных структур (как низкомолекулярных соединений, так и биологических макромолекул), напоминающий программы для поиска наиболее устойчивых конформаций молекул, посредством минимизации энергии системы. Существенное отличие sculpting заключается в том, что построение оптимальной структуры осуществляется за счёт возвращение локальной атомной геометрии (торсионные угля, связи и др.) до уровня первоначальных значений.
    Для режима sculpting характерны все стандартные операции с камерой, предусмотренные PyMol’ом (поворот камеры относительно объекта, затемнение или освещение объектов на заднем плане и др.). При нажатии левой кнопки мыши и зажатой клавише Ctrl можно осуществлять перемещение атомов. При выведении системы из равновесия (исходное состояние), программа изменяет структуру для подбора наиболее оптимальной конфигурации при таком пространственном расположении атомов.
  2. Мутагенез

    3. Если проанализировать приведенное ниже изображение белка (слева), то можно предположить, что при замене VAL 109 произойдет потеря лиганда. Попробуем заменить валин на глицин.
    Как видим, в структуре исчез выступ, что может привести к «выпадению» лиганда (справа).
    *(лиганд белка - sticks (серые), аминокислотные остатки, содержащие атомы, находящиеся на расстоянии ближе 3,5 Å - sticks (красные).)
    ©Анисенко Андрей