На главную

Вычисление параметров для молекулярной механики

  1. C-C связь
    2. оптимизированная структура этана в виде Z-matrix: 
    $DATA
eth
C1
 C   
 C      1   cc 
 H      2   ch   1   cchv 
 H      2   ch   1   cch   3   d1 0
 H      2   ch   1   cch   3   d2 0
 H      1   ch   2   cch   3   d3 0
 H      1   ch   2   cch   5   d3 0
 H      1   chv  2   cch   4   d3 0

cc=1.52986
ch=1.08439
chv=1.08439
cch=111.200
cchv=111.200
d1=120
d2=-120
d3=180
 $END

    et.inp - файл загатовка для размножения
    make_b.bash - исправленный скрипт (стартовая длинна соответствует файлу et.inp)
    после запуска скрипта получили 21 inp файл, в каждом из которых длинна связи С-С -различна (смотрим здесь)
    make_bend.bash - конечный вариант скрипта, позволяющий записывать энергию и длину связи с-с.
    после запуска скрипта получаем набор значений (длина С-С, энергия): 
    1.32986    -79.7339315289
1.34986    -79.7406173737
1.36986    -79.7462868578
1.38986    -79.7510331813
1.40986    -79.7549412921
1.42986    -79.7580886263
1.44986    -79.7605457819
1.46986    -79.7623771323
1.48986    -79.7636413832
1.50986    -79.7643920816
1.52986    -79.7646780790
1.54986    -79.7645439543
1.56986    -79.7640303992
1.58986    -79.7631745699
1.60986    -79.7620104053
1.62986    -79.7605689179
1.64986    -79.7588784564
1.66986    -79.7569649422
1.68986    -79.7548520851
1.70986    -79.7525615748
1.72986    -79.7501132582

    перенаправим его в bond
    ниже приведена зависимость энергии от длинны связи, аппроксимированная f(x)=a+k(x-b)^2
    (параметры аппроксимирующей функции: 
    a=-79.7652+/-0.0004522
k=0.563608+/-0.02335
b=1.55432+/-0.002455


    аппроксимирующая кривая и значения плохо совпадают. возможная причина - необходимо использовать более сложную функцию для аппроксимации
  2. Валентные углы

    3. Аналогично проводим операции и для валентного угла HCC. Его значения изменяем от 109,2 до 113,2 a.bash - скрипт, выдающий пары валентный угол и энергию молекулы
    angles - результат работы скрипта ниже приведена зависимость энергии от длинны связи, аппроксимированная f(x)=a+k(x-b)^2
    (параметры аппроксимирующей функции: 
    a=-79.7647+/-1.21e-08
k=0.563608+/-6.229e-09
b=1.55432+/-9.954e-05


    в данном случае эта функция аппроксимировала гораздо лучше.
  3. Торсионные углы

    4. Аналогично проводим операции и для торсионного угла d3. Его значения изменяем от -180 до 180 с шагом 12 t.bash - скрипт, выдающий пары торсионный угол и энергию молекулы
    torsion - результат работы скрипта ниже приведена зависимость энергии от величины торсионного угла d3


    из графика видно, что количество минимумов равно 3 (точки -180 и 180 - одно и то же)
    ©Анисенко Андрей