Практикум 2: кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)

1. Аминокислотные остатки вписанные в электронную плотность (уровень электронной плотности 2)

Хорошо вписанный остаток (27Val)	Плохо вписанный остаток (263Trp)

как видим в случае плохо вписанного остатка электронная плотность (при высоком уровне подрезки) функция электронной плотности разорвана, атомы часто не попадают в нее, а лежат рядом с ней
2.Тип центрирования – Р
Тип симметрии 1 21 1
Форма кристаллографической ячейки:
Длины сторон параллелепипеда (Å): a=53,06, b=100,89, c=73,07
Углы между сторонами параллелепипеда: α=90.00, β=96.02, γ=90.00
Число молекул в элементарной ячейке – 6
3. Мой белок, вписанный в кристалографическую ячейку (ячека практически ортогональна, лишь один из углов равен 96.02)

Аналогично, только вписана одна из субъединиц

А вот и соседи белка на расстоянии 5Å. их количество оказалось равным 12. Исходная молекула белка обозначена красным, все остальные - различные цвета.

4. В ходе эксперимента было измерено 82798 структурных факторов.минимальная амплитуда - 0,7, максимальная - 43.