На главную

Практикум 3: рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема


1. Cтатья о структуре белка THIM_BACSU (PDB ID 1ESJ) Crystal Structure of 4-Methyl-5-hydroxyethylthiazole Kinase from Bacillus subtilis at 1.5 A Resolution
2. Среди белков для которых найдена структура при помощи рентгеноструктурного анализа произвел поиск гомологов белка с PDB ID 1ESJ.
В таблице 1.xls приведена информация о гомологах. Среди запрашиваемых полей не представлена возможность выбора данных о выравниваниях (хотя это очень странно, поэтому пришлось вручную вписать несколько столбцов в таблицу).
3. Краткое описание белка:
  • Главвный биологический результат статьи:

Были получены структуры комплексов гидроксиэтилтиазолкиназы с 4-метил-5-β-гидроксиэтилтиазолом и 4-метил-5-β-гидроксиэтилтиазолфосфатом/ATФ, мутанта C198S и его комплекса с 4-метил-5-β-гидроксиэтилтиазолфосфатом/ATФ. Было обнаружено, введение замены цистеина (198) на аспарагин (Cys198Asp) повышает ферментативную активность в 10 раз. Активность мутантов C198S и С198А в 5,2 и 2,6 раз меньше, соответственно, по сравнению с активностью фермента дикого типа.
Данный фермент принадлежит классы киназ низкомолекулярнх соединений (small molecule kinase). Сервером DALI было продемонстриовано структурное сродство данного фермента с аденозинкиназами и рибокиназой.
Базирусь на структуре комплексов данного фермента с его субстратами был детально описан механизм работы гидроксиэтилтиазолкиназы.
  • разрешение структуры 1ESJ
    • 1.8Å
  • Решение фазовой проблемы
    • было осуществлено при помощи метода единичного изоморфоного замещения с аномальным рассеянием (производные кристаллов, содержащие ртуть). Анализ карт Паттерсона привел к обнаружению 4 сайтов тяжелых-металлов. Улучшение параметров тяжелых металлов и расчет фаз производился в программе MLPHARE.
  • Количество измеренных структурных факторов
    • : 82798
  • Количество структурных факторов с сигналом больше 3.0
    • : 59430 (71,8%)
  • Источники:

    • Crystal Structure of 4-Methyl-5-hydroxyethylthiazole Kinase from Bacillus subtilis at 1.5 A Resolution
    1esj
    1esj-sf.cif
  • Выравнивание последовательностей белков, представленных в Uniprot и в pdb-файле:

    • ali.fasta

    как видно не совпадают только начальные участки (гистидиновый тэг) и 198 цистеин заменен на серин.
    ©Анисенко Андрей