Задание 1. Визуализация поверхности контакта.
Структура для работы: пуриновый репрессор на ДНК 1PUC. В PDB лежит асимметрическая единица, включающая только одну цепь ДНК и одну цепь белка. Для задания нужно скачать биологическую, полную единицу.
а. Поверхность контакта мономера с симметричным.
б. Поверхность контакта димера с ДНК.
в. Поверхность контакта ДНК с димером.
Задание 2. Гидрофобные кластеры и поверхность контакта.
Чтобы получить гидрофобные кластеры на поверхности взаимодействия мономеров, пришлось модифицировать PDB-файл биологической единицы, так как сервис приспоблен работать с разными цепями структуры, но не с разными моделями. После нехитрых манипуляций был получен файл с остатками, участвующими в гидрофобном взаимодействии между мономерами (цепи A и D, distance threshold 10.0): clud_output_10.txt
