Изучение выравнивания EFTS
Импортируем полученное выравнивание белков EFTS efts_aligned.fasta в GeneDoc.
Поищем в последовательностях диагностические позиции, то есть позиции, по которым можно судить о том, относится ли та или иная последовательность выравнивания к некоторому таксону. Для этого сначала "подкрасим" позиции, консервативные внутри классов Beteproteobacteria и Gammaproteobacteria. Позиции, консервативные внутри первого таксона, покрасим в коричневый цвет, а позиции, консервативные внутри второго, - в бежевый цвет. Выравнивание приобретет следующую "раскраску":
Однако на этом, к сожалению, работа не закончена. Ведь, как видно из рисунка, теперь появилось много раскрашенных остатков, которые встречаются не только внутри данной группы (например, подкрашенные коричневым метионины в самом начале последовательностей). Поэтому теперь оставим подкрашенными лишь те остатки, которые не встречаются у других бактерий. Кроме того, подкрасим серым остатки, характерные только для BRAJA (это будут остатки, характерные для класса Alphaproteobacteria - конечно, такой вывод очень субъективно делать из последовательности только одной бактерии класса, однако это все же лучше, чем ничего). После небольшой редакции выравнивание приобрело следующую раскраску:
Ну вот, так стало намного лучше. Теперь серым, коричневым и бежевым цветами подкрашены только те остатки, которые характерны соответственно классам бактерий Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria. Теперь осталось найти остатки, характерные лишь бактериям из порядков Vibrionales и Enterobacteriales. Подкрасим первые в синий цвет, а вторые - в красный. Итак, окончательный вариант "раскраски" выглядит следующим образом:
На нем серым цветом подкрашены остатки, характерные только бактериям класса Alphaproteobacteria, коричневым - бактериям класса Betaproteobacteria, бежевым - бактериям класса Gammaproteobacteria, синим - бактериям порядка Vibrionales, красным - бактериям порядка Enterobacteriales.
Назад