Состав записи 1f30 банка PDB

Заголовок структуры: DNA BINDING PROTEIN (Белок, связывающий ДНК);

Название структуры: THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN (Основной компонент защиты ДНК в E.coli, название - DPS);

Название белка: DPS_ECOLI.

В строках SEQRES записи приведена последовательность аминокислотных остатков в полипептидных цепях белка. В моем случае последовательности аминокислотных остатков всех 12 полипептидных цепей идентичны. Количество аминокислотных остатков - 167 в каждой полипептидной цепи. Но! В программе Rasmol отображаются не 167 аминокислотных остатков в каждой цепи, а лишь 156. Начинается цепь в Rasmolе с 12-го аминокислотного остатка - треонина.

В строках HET перечислены лиганды, имеющиеся в структуре. В моем белке это ионы цинка (содержатся в каждой полипептидной цепи) (в трехбуквенном коде ZN) и 2-амино-2-гидроксиметил-пропан-1,3-диол (так же имеются в каждой полипептидной цепи)(в трехбуквенном коде TRS).

В строках HETNAM расшифровано трехбуквенное обозначение лигандов.

В строках FORMUL приведены брутоформулы лигандов.

Итак, в документе представлены следующие цепи макромолекул:

Идентификатор цепи Число остатков Название молекулы Комментарии
A 167 DPS_ECOLI Этот белок состоит из 12 идентичных полипептидных цепей.
B 167 DPS_ECOLI  
C 167 DPS_ECOLI  
D 167 DPS_ECOLI  
E 167 DPS_ECOLI  
F 167 DPS_ECOLI  
G 167 DPS_ECOLI  
H 167 DPS_ECOLI  
I 167 DPS_ECOLI  
J 167 DPS_ECOLI  
K 167 DPS_ECOLI  
L 167 DPS_ECOLI  

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID Название Формула Число копий Комментарии
ZN ZINC ION ZN2+ 12 Ионы цинка.
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL C4H12NO31+ 12 2-амино-2-гидроксиметил-пропан-1,3-диол -
спирт, похожий на глицерин, но второй атом углерода в нем
связан с гидроксильной группой через метильную группу и связан с аминогруппой.
HOH WATER H2O 539 Молекулы воды.

Скачать Tyshkovskiy_description_1f30.doc

Скачать 1f30.pdb

Изображения полипептидной цепи белка:
Изображение одной полипептидной цепи белка (цепи А) в остовной модели. Этот рисунок может быть получен с помощью скрипта chain.spt.

Открыть рисунок в отдельном окне
Изображение вторичной структуры одной полипептидной цепи белка (цепи А). Красным показаны альфа-спирали, желтым - два бета-тяжа,
синим - бета-повороты полипептидной цепи. Этот рисунок может быть получен с помощью скрипта structure.spt.

Открыть рисунок в отдельном окне

Как видно из рисунка, белок DPS E.coli альфа-спиральный. Каждая его цепь состоит из 4 длинных альфа спиралей и одной коротенькой (состоящих всего из 2 витков). Кроме того, есть два крошечных бета-тяжа.

Назад