Электронная плотность

1. Изучение электронной плотности остатка GLU-21 записи 2B5A

   Изучим электронную плотность глутамина 21 цепи C, в которой он имеент две альтернативные конформации, в файле 2B5A.pdb и сравним ее с плотностью того же остатка в других цепях (для примера возьмем цепь А).
   Для этого получим файл с электронной плотностью молекулы 2b5a.omap и загрузим в PyMol вначале PDB-файл, а потом файл с электронной плотностью, присвоив им разные названия:

   load 2B5A.pdb, 2b5a_coo
   load 2b5a.omap, 2b5a_map

   Теперь оставим в графическом окне лишь интересующий нас остаток глутамина 21 цепи С и визуализируем поверхности уровней 1 и 0,5 электронной плотности в окрестности этого остатка с помощью команды isomesh:

   isomesh new_map1, 2b5a_map, 1, c/21/, 1.5
   isomesh new_map2, 2b5a_map, 0.5, c/21/, 1.5

   Первый аргумент в этой команде - имя нового объекта с изображением поверхности, второй - имя объекта с электронной плотностью, третий - уровень электронной плотности, четвертый - множество, для которой мы хотим изобразить электронную плотность, последний - "buffer".
   Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи С выглядит так:
   
   Желтым и белым окрашены поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности соответственно. На представленном изображении справа расположен остов остатка, снизу - А-конформация боковой цепи, слева - B-конформация боковой цепи.
   Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи А выглядит так:
   
   На этом изображении справа расположен остов остатка, слева - боковая цепь.
   Можно заметить, что в боковой цепи основная плотность стянута на атомы кислорода и азота, что вполне логично вследствие их электроотрицательности. Самая маленькая плотность наблюдается, пожалуй, между атомами Cγ и Cδ. Более того, можно заметить, что в конформации В глутамина 21 цепи С плотность между этими атомами крайне мала (меньше уровня 0.5).

2. Изучение электронной плотности остатка PHE-161 записи 1F30

   Аналогично изучим электронную плотность остатка в файле 1f30.pdb. Электронная плотность этой молекулы получена с сайта EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) и сохранена в файле 1f30.omap.
   Изображение электронной плотности остатка фенилаланина 161 цепи А выглядит так:
   
   Как и в прошлом задании, желтым и белым окрашены поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности соответственно.