Поиск по базе данных UniProt

Параметры белка под кодовым названием TRXB_ECOLI

Название поля	Метка поля	Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number")	АС	P0A9P4, P09625
Идентификатор записи в БД	ID	TRXB_ECOLI
Название (краткое описание) белка	DE	Thioredoxin reductase
Дата создания документа	DT	19.07.2005
Дата последнего исправления аннотации	DT	23.01.2007
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	11
Журнал и год самой поздней публикации	RL	Science, 2000
Ключевые слова	KW	3D-structure, complete proteome; direct protein sequencing; FAD, flavoprotein, NADP, oxidoreductase; redox-active center
Что содержит поле комментариев?	СС	Каталитическая активность, кофактор, субъединица, взаимодействия, локализация внутри клетки, таксономия белка
Идентификаторы записей PDB	DR	1CL0, 1F6M, 1TDE, 1TDF, 1TRB

Запрос, находящий белки, похожие на вышеописанный

Запрос	Число записей в SwissProt	Число записей в TrEMBL
Thioredoxin reductase	231	1113

Параметры белков под кодовыми названиями TRXB_ECOLI и Q9RIS2_STRCO
Среди найденных белков - тиоредоксин редуктаз - я выбрала один (мнимую тиоредоксин редуктазу) и сравнила их.

Название поля	Метка поля	Белок 1	Белок 2
Код(ы) доступа ("Accession number")	АС	P0A9P4, P09625	Q9RIS2
Идентификатор записи в БД	ID	TRXB_ECOLI	Q9RIS2_STRCO
Название (краткое описание) белка	DE	Thioredoxin reductase	Putative thioredoxin reductase
Дата создания документа	DT	19.07.2005	01.05.2000
Дата последнего исправления аннотации	DT	23.01.2007	31.10.2006
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	11	2
Журнал и год самой поздней публикации	RL	Science, 2000	Nature, 2002
Название организма	OS	Escherichia coli	Streptomyces coelicolor
Классификация организма (список таксонов)	OX	Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia	Bacteria Actinobacteria Actinobacteridae Actinomycetales Streptomycineae Streptomycetaceae Streptomyces
Описание вторичной структуры	FT	Какие элементы вторичной структуры белка и их количество (во всем – номера остатков)	-
Ключевые слова	RF	3D-structure, complete proteome; direct protein sequencing; FAD, flavoprotein, NADP, oxidoreductase; redox-active center	Complete proteome
Что содержит поле комментариев?	СС	Каталитическая активность, кофактор, субъединица, взаимодействия, локализация внутри клетки, таксономия белка	Копирайт и сайт UniProt’а и лицензия компании-дистрибьютора
Особенности последовательности	FT	Удален инициаторный метионин, количество цепей (субъдиниц) и аминокислотных остатков, лиганды-кофакторы (FAD) для каждой из субъединиц, дисульфидная связь, вторичная структура (во всем – номера остатков)	-
Идентификаторы записей PDB	DR	1CL0, 1F6M, 1TDE, 1TDF, 1TRB	-

Впечатления от сравнения двух белков:
· Мой белок – тиоредоксин редуктаза Escherichia coli, второй белок – мнимая (кажущаяся) тиоредоксин редуктаза Streptomyces coelicolor.
· У моего белка в БД есть третичная PDB структура, у 2-го белка ее нет.
· У моего белка в БЖ можно найти особенности первичной, вторичной структуры, строение активного центра, кофакторы: БД ссылается на 11 статей (поэтому много ключевых слов и комментариев), у 2-го белка никаких особенностей структуры и в том числе вторичной структуры в БД не описано: и всего 2 статьи на эту тему (поэтому всего одна ключевая фраза – полный протеом – и совсем нет комментариев).

Главная страница > Второй семестр > Описание белка TRXB_ECOLI