Состав записи 1lzw из PDB

1HEADER    CHAPERONE                                                         
TITLE     STRUCTURAL BASIS OF CLPS-MEDIATED SWITCH IN CLPA SUBSTRATE 
TITLE    2 RECOGNITION
Поле Header содержит заголовок структуры,Title содержит название структуры.
COMPND    MOL_ID: 1;                                                  
COMPND   2 MOLECULE: PROTEIN YLJA;                                    
COMPND   3 CHAIN: A;                                                  
COMPND   4 ENGINEERED: YES;                                           
COMPND   5 MUTATION: YES;                                             
COMPND   6 MOL_ID: 2;                                                 
COMPND   7 MOLECULE: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT   
COMPND   8 CLPA;                                                      
COMPND   9 CHAIN: B;                                                  
COMPND  10 FRAGMENT: RESIDUES 1-146;                                  
COMPND  11 ENGINEERED: YES

Поле Compnd  содержит информацию о цепях макромолекул(белков нуклеиновых кислот)
после слова: Chain  следует перечисление идентификаторов цепей.
SEQRES   1 A  106  MET GLY LYS THR ASN ASP TRP LEU ASP PHE ASP GLN LEU  
SEQRES   2 A  106  ALA GLU GLU LYS VAL ARG ASP ALA LEU LYS PRO PRO SER  
SEQRES   3 A  106  MET TYR LYS VAL ILE LEU VAL ASN ASP ASP TYR THR PRO  
SEQRES   4 A  106  MET GLU PHE VAL ILE ASP VAL LEU GLN LYS PHE PHE SER  
SEQRES   5 A  106  TYR ASP VAL GLU ARG ALA THR GLN LEU MET LEU ALA VAL  
SEQRES   6 A  106  ALA TYR GLN GLY LYS ALA ILE CYS GLY VAL PHE THR ALA  
SEQRES   7 A  106  GLU VAL ALA GLU THR LYS VAL ALA MET VAL ASN LYS TYR  
SEQRES   8 A  106  ALA ARG GLU ASN GLU HIS PRO LEU LEU CYS THR LEU GLU  
SEQRES   9 A  106  LYS ALA                                              
SEQRES   1 B  146  MET LEU ASN GLN GLU LEU GLU LEU SER LEU ASN MET ALA  
SEQRES   2 B  146  PHE ALA ARG ALA ARG GLU HIS ARG HIS GLU PHE MET THR  
SEQRES   3 B  146  VAL GLU HIS LEU LEU LEU ALA LEU LEU SER ASN PRO SER  
SEQRES   4 B  146  ALA ARG GLU ALA LEU GLU ALA CYS SER VAL ASP LEU VAL  
SEQRES   5 B  146  ALA LEU ARG GLN GLU LEU GLU ALA PHE ILE GLU GLN THR  
SEQRES   6 B  146  THR PRO VAL LEU PRO ALA SER GLU GLU GLU ARG ASP THR  
SEQRES   7 B  146  GLN PRO THR LEU SER PHE GLN ARG VAL LEU GLN ARG ALA  
SEQRES   8 B  146  VAL PHE HIS VAL GLN SER SER GLY ARG ASN GLU VAL THR  
SEQRES   9 B  146  GLY ALA ASN VAL LEU VAL ALA ILE PHE SER GLU GLN GLU  
SEQRES  10 B  146  SER GLN ALA ALA TYR LEU LEU ARG LYS HIS GLU VAL SER  
SEQRES  11 B  146  ARG LEU ASP VAL VAL ASN PHE ILE SER HIS GLY THR ARG  
SEQRES  12 B  146  LYS ASP GLU                                          
Поле SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном
виде число остатков).
HET     PT    300       1            
HETNAM      PT PLATINUM (II) ION     
FORMUL   3   PT    PT1 2+            
FORMUL   4  HOH   *48(H2 O1)
Поля o	HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных
веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных
остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы,
идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный)
номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого
типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно,
названия и химической формулы. 

Белок типа α+βсостоит из двух цепей. В цепи А 3 α-спирали и 3 β-тяжа;в цепи B 9 α-спирали и 2 β-тяжа;



Цепь А, красные - альфа-спирали, желтые - бета-тяжи

Белок в остовной модели, разные цепи показаны разными цветами, розовым показан лиганд

Первый семестр
Главная страница