Множественное выравнивание
Результаты упражнений
- Выбранные гомологичные последовательности
- Выравнивание с помощью программы emma
Консервативных колонок на 100% получилось 27; на 70% - 22.
- Выравнивание с помощью программы muscle
- Матрица попарной идентичности последовательностей, полученная с помощью программы GeneDoc
- Сравнение 2-х множественных выравниваний
Отличий между построенными с помощью программ emma и muscle выравниваниями
практически нет, разница лишь в том, что в выравнивании, полученном с помощью
программы muscle, стоит больше гэпов.
- Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей
Сравнение попарных выравниваний, порождённых множественными, с оптимальным попарным выравниванием отличаются незначительно, т.к.
основной консервативный участок выровнен одинаково обеими программами,
различия есть в расстановке гэпов, и более биологически обоснованныой кажется
расстановка гэпов программой muscle, тк консервативных колонок там больше.
Оптимальное выравнивание также незначительно отличается от выравниваний этими
программами, т.к. основные консервативные фрагменты во всех трех выравниваниях
одинаковы (за исключением выравнивания начала, которое не входит в их число).
Второй семестр
Главная страница
©
Гардиева Алиса,2007