Учебный сайт Макаровой Надежды

Второй семестр
В ходе выполнения этого практикума нужно научиться находить всю возможную информацию об объекте. Мой белок называется Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase. Он из бактерии Amycolatopsis orientalis HCCB10007.

Индентифекаторы белка dUTP pyrophosphatase в разных базах данных.

Uniprot Uniref50 RefSeq Proteins PDB
Идентификатор ID: R4T2E1_AMYOR
AC: R4T2E1 		UniRef50_Q47NK1 WP_016332957.1; YP_008011580.1 1MQ7
Записи Uniprot постоянно обновляются. К примеру, дата 1-ой версии 24.07.2013, а последней 04.03.2015.

Изменение содержания:

  • 1. По сравнению с первой версией были добавлены более полное название белка и обозначение фермента по The Enzyme Commission number (EC number)

    Рис1. Изменение названия.(желтым показаны удаленные строчки, зеленым добавленные)

  • 2. В 20-и строках добавлены ссылки на достоверность источника информации в {}.
  • 3. Добавлена информация о функциях, каталитической активности, кофакторе, пути метаболизма, о принадлежности к семейству dUTPase family.

    Рис2. Информация о функциях, каталитической активности, кофакторе, пути метаболизма.

  • 4. Добавлены индификаторы RefSeq (YP. и WP),а также индификаторы баз данных Genome annotation такие, как EnsemblBacteria, GeneID и KEGG.

    Рис3. Обозначение белка в разных базах данных.

  • 5. Добавлены индификаторы филогенетической базы данных, а также бд по семействам и доменам.
  • 6. Добавлены ключевые слова.

    Рис4. Ключевые слова, касающиеся белка.

  • 7. Добавлена таблица о функциональных участках.

    Таблица функциональных участков.

Сравнение с гомологами.

Сравнительная таблица.

Был взят белок Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase с ID: DUT_MYCTU с известной структурой. Кластер содержал 22 белка.Для сравнения были выбраны 3 гомологичных белка. Эти белки взяты из разных организмов. У них у всех одинаковая функция и длина. Только в одном организме выявлена структурная цепь. Все три выведены на основе гомологии.

Предсталение явления полиморфизма в Uniprot.

Полиморфизм представлен в трианскрипционном корепрессоре Dentatorubral-pallidoluysian atrophy protein.