Учебный сайт Макаровой Надежды

Второй семестр

Все материалы находятся в JalView проекте

Задание 1

Был запущен поиск гомологов белка по psi-blast. Были запущены 4 итерации. В последней не прибавилось находок. Результаты представлены в таблице.

Итерация	Количество находок с e-value < 0.005	Данные о худшей и лучшей находках
1	373	Параметры	Лучшая	Худшая
		ID	Q82KK4	B8GHN1
		Score	194	40
		E-value	1e-60	0.005
2	608	Параметры	Лучшая	Худшая
		ID	B9L823	B1L7R6
		Score	227	41.3
		E-value	7e-74	0.002
3	699	Параметры	Лучшая	Худшая
		ID	P43792	P11365
		Score	209	47.5
		E-value	8e-67	4e-05

Задание 3

Были отобраны 38 последовательности (у которых ident 48-70%) и было построено их множественное выравнивание командой muscle -in ident_50.txt -out 38_allign.fasta

Задание 4

Из этих 38 последовательностей были отобраны 15 с помощью инструмента remove redundancy (79%)

Задание 5

Далее эти 15 последовательностей были выровнены программой mafft

Задание 6

С помощью программы muscle были выравнены 2 выравнивания.

Рис1. Сравнение двух выравниваний: полученного из множественного выравнивания(remove redundancy) и полученного программой mafft. (Красным прямоугольником отмечены места, где выравнивания различаются)

Выравнивания различаются только в двух местах. Большего всего различий в началах выравниваний.

Рис2. Первый фрагмент, содержащий несоответсвия.

Рис3. Второй фрагмент, содержащий несоответствия.