Задание 1
Был запущен поиск доменов на сайте Pfam, содержащихся в последовательности. Было найдено одно семейство - dUTPase (PF00692) dUTPase (PF00692)
Задание 2
Из Jalview была получена косенсусная последовательность блока
Также LOGO блока был получен с помощью сервиса http://weblogo.berkeley.edu/.
Рис1. LOGO блока
Задание 3
Нужно создать два паттерна для белкового блока: сильный и слабый.
Для начала я составила паттерн, принимая во внимание все вариации, которые есть в seed. По паттерну [FVI]-[FTYRKSIEAN]-[IVLGY]-[NTEKHPILSMQ]-[KEQAVTPR]-[GYRK]-[DQR]-[RKAC]-[FIVL]-[CALV]-[QRH]-[ILVM](2)-[VLCFY] нашлось 52 последовательности. Но некоторые последовательности из seed не вошли в данную выдачу. Поэтому пришлось повторно искать последовательности по более "широкому" паттерну.
Паттерн [FVI]-[FTYRKSIEAN]-[IVLGY]-[NTEKHPILSMQ]-[KEQAVTPR]-[GYRK]-[DQRTMINE]-[RKAC]-[FIVL]-[CALV]-[QRH]-[ILVM](2)-[VLCFY] дал 143 находки. Из них 7 не относятся к данному семейству.
По паттерну [FVI]-[TYEN]-[IVL]-[EKPI]-[KEQV]-[G]-[DQ]-[RK]-[FIVL]-[ALV]-[QR]-[ILVM](2)-[VLCF] нашлось 13 последовательностей.
Оценка результатов
Несмотря на то, что выравнивание seed-a кажется неоднородным, это, видимо, является следствием большого разнообразия внутри семейства dUTPase. Мотив имеет широкие вариации. Но все они есть в этом семействе.
© 2014 Макарова Надежда