Создание изображений нуклеотидов и фрагментов нуклеиновых кислот с помощью программы ChemSketch.
Упражнение 1
Нужно было нарисовать 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат, уридин, псевдоуридин. Красным цветом выделены атомы, участвующие в образовании N-гликозидной связи.
Рис.1 Изображения нуклеотидов и нуклеозидов в программе ChemSketch.
Упражнение 2
Изображение фрагмента двуцепочечной ДНК. Красным выделен сахарофосфатный остов. Пунктирными линиями изображены водородные связи. Также указано направление каждой из цепей.
Рис.2 Изображения фрагмента ДНК в программе ChemSketch.
Упражнение 3.
Требовалось отобразить канонические взаимодействия тимина с другими азотистыми основаниями, а также подумать о существовании неканонических и предложить варианты.
Условия выбора: донорами водорода являются группы -NH2 и >NH, а акцепторами водорода атомы О и N, не связанные с водородом. Выбираем пары оснований или нуклеотидов с >= 2 водородными связями
Рис.3 Каноническая пара нуклеотидов T-A И неканонические Т-С,Т-А, Т-П.
Программа ChemSketch показала, что несмотря на наличие 4 таутомерных форм у тимина (см. рис.4), в природе для нуклеотида характерна только одна. Сначала я рассмотрела все возможные пары нуклеотидов с тимином. Цитидиловый, адениловый нуклеотиды имеют только одну устойчивую форму. Гуаниловый имеет 2 формы, но подходит только одна.
Рис.4 Таутомерия тимина.
Далее я перешла к рассмотрению неканонических взаимодействий тимина и других оснований. Программа показала, что у тимина устойчива только одна таутомерическая форма (лактамная). У цитозина -2, у гуанина - 4, у аденина - 2.
.
Рис.5 Неканонические пары оснований
Рис.6 Неканонические пары оснований T-T
Все материалы, выполненные с помощью программы Chemsketch можно найти здесь.
© 2014 Макарова Надежда