Таблица 1:Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID_1 | ID_2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
GTPase Der |
DER_ECOLI |
DER_BACSU |
824.0 |
36.1 % |
56.2 % |
60 |
7 |
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI |
FABI_ECOLI |
FABI_BACSU |
650.5 |
50.2 % |
67.2 % |
10 |
4 |
GTPase Era |
ERA_ECOLI |
ERA_BACSU |
600.5 |
39.3 % |
61.6 % |
8 |
600.5 |
Таблица 1:Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID_1 | ID_2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
GTPase Der |
DER_ECOLI |
DER_BACSU |
831.5 |
38.7% |
60.2% |
30 |
3 |
92.9% |
97.9% |
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI |
FABI_ECOLI |
FABI_BACSU |
651.5 |
51.6% |
69.0% |
4 |
2 |
98.5% |
99.8% |
GTPase Era |
ERA_ECOLI |
ERA_BACSU |
603.5 |
40.3% |
62.7% |
4 |
603.5 |
97.0% |
96.7% |
Таблица 3:Характеристики глобального парного выравнивания неродственных белков
| Protein Name_1 | Protein Name_2 | ID_1 | ID_2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI |
GTPase Era |
FABI_ECOLI |
ERA_BACSU |
33.0 |
13.5% |
21.9% |
221 |
17 |
Данные белки(FABI_ECOLI b ERA_BACSU) не являются родственными и, как следствие, имеют значительно различающиеся структуры. Менее 15 процентов одинаковых и менее 25 процентов аналогичных аминокислот говорят о том, что эти белки не могут считаться гомологичными. Большое количество indels и gaps указывает на то, что один белок очень маловероятно может быть получен из другого естественным путем.
Таблица 4:Характеристики локального парного выравнивания неродственных белков
| Protein Name_1 | Protein Name_2 | ID_1 | ID_2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI |
GTPase Era |
FABI_ECOLI |
ERA_BACSU |
45.5 |
18.0% |
29.3% |
112 |
11 |
91.2% |
60.1% |
Локальное выравнивание выявило больше, хоть и незначительно, схожести между структурами данных белков. Тем не менее они не гомологичны, количество схожих аминокислот не доходит даже до 30 процентов, а также в выравнивании учтено только 60 процентов первичной структуры второго белка.
Глобальное выравнивание белков DER_ECOLI и DER_BACU в виде проекта Jalview
В базе данных Swiss-Prot было найдено 348 белков, идентификаторы которых начинаются с мнемоники ERA(посчитано в Putty с помошью команды grep -c). Для анализа были выбраны белки с индентификаторами:ERA_MYCSS(Arabidopsis thaliana-Резуховидка Таля), ERA_ARATH(Arabidopsis thaliana),ERA_ORYSJ(Oryza sativa subsp. japonica-Рис посевной), ERA_ECOUT(Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC)-Кишечная палочка),ERA_RICCK(Rickettsia canadensis (strain McKiel)-бактерии Риккетсии), а также рассмотренные выше ERA_ECOLI и ERA_BACSU.
Множественное выравнивание белков в виде проекта Jalview
В целом белки имеют очень много различий в структуре. Два белка(ERA_ARATH и ERA_ORYSJ) имеют длину на треть превышающую длину остальных 5 белков, каждый из двух значительно отличается от остальных участком,состоящем примерно из 120 аминокислот и стоящем в начале всей цепи, даныые участки не гомологичны между собой и видимо были приобретены независимо в процессе эволюции. В остальной части выравнивания есть несколько консервативных участков, общих для всех семи белков( по всей видимости эти участки являются функциональными), наиболее крупный такой участок находится между 138 и 194 аминокислотой выравнивания.
Весенний семестр 2018