A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

Создание моделей различных форм ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA

Данные модели А-, В-, и Z-формы ДНК создвны с помощью программы fiber пакета 3DNA, последовательность одной из нитей каждой модели представляет собой 5 раз повторенную последовательность нуклеотидов "gatc".

Скачать файл с изображением А-формы ДНК.

Скачать файл с изображением B-формы ДНК.

Скачать файл с изображением Z-формы ДНК.

Изучение сгенерированной модели B-формы ДНК

Для рассмотрения был выбран Аденин [DA]30:B сгенерированной в предыдущем задании модели B-формы ДНК.
В сторону большой бороздки обращены атомы:[DA]30:C5,[DA]30:C6,[DA]30:C8,[DA]30:N6, [DA]30:B.N7.
В сторону малой бороздки обращены атомы:[DA]30:N3,[DA]30:N6, [DA]30:C2.

Изображение 2: аденин 30:B, красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой (изображение получено с помощью MarvinSketch) .

Таблица 1:данные об эксперементально полученных структурах ДНК.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)*	16.81	17.21	9.87
Ширина малой бороздки (Å)*	7.98	11.69	18.3

Для A-формы: измерения относительно [DG]33:B.
Для В-формы: измерения относительно [DT]11:A.
Для Z-формы: измерения относительно [DC]32:B.

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA

Здесь приведены результаты анализа структуры тРНК (PDB ID-1exd) с помощью программ пакета 3DNA, а именно: find_pair и analyze.

Значения торсионных углов в заданной структуре тРНК:

	α	β	γ	δ	ε	ζ	ξ
Среднее значение для 1 цепи	-12.23	46.97	72.55	84.53	-121.35	-59.93	-113.43
Среднее значение для 2 цепи	-33.00	-36.33	69.75	82.90	-146.50	-63.86	-121.61
Среднее значение для РНК по 2 цепям	-22.62	4.56	71.15	83.72	-133.93	-61.90	-117.52
Значение для B-формы ДНК(взято из презентации)	63	171	54	123	155	-90	-117

Как видно из данных в таблице, нет значительного сходства между торсионными улами В-формы ДНК и данной молекулы ДНК, единственное совпадающее значение &958 (с А-формой ДНК совпадающих значений нет).

Определение структуры водородных связей между основаниями:

Изображение 2:информация о комплементарных взаимодействиях в рассматриваемой молекуле РНК. Синим цветом выделены пары оснований, образующие стебли. Номера оснований:5'-902-907-3' стебель с 3'-971-966-5',5'-949-953-3' c 3'-965-961-5',5'-937-944-3' c 3'-933-926-5',5'-910-912-3' c 3'-926-923-5'.
Красным цветом выделены неканонические пары.
Желтым цветом выделена канонечская пара, не входящая ни в один стебель.

Третий семестр(осенний семестр 2018)