Вторичная структура тРНК. Комплексы ДНК-белок.

Предсказание вторичной структуры тРНК

Таблица 1:предсказание вторичной структуры тРНК (PDB-ID:1exd) с помощью различных методов.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted*	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-902-907-3' 5'-966-971-3' (всего 6 канонических пар)	Предсказано 5 из 6 канонических пар	Предсказаны все 6 канонических пар
D-стебель	5'-910-912-3' 5'-923-926-3' (всего 3 канонических пары)	Не найдены совпадающие с реальными канонические пары	Найденные канонические пары не совпадают с реальными
T-стебель	5'-949-953-3' 5'-961-965-3' (всего 5 канонических пары)	Не найдены совпадающие с реальными канонические пары	Предскзано 4 из 5 канонических пар
Антикодоновый стебель	5'-926-933-3' 5'-937-944-3' (всего 8 пар: 6 канонических и 2 неканонических)	Не найдены совпадающие с реальными канонические пары	Предсказано 5 из 6 канонических пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	19	5	17.21

*Штраф за gap:12, минимальный счет:10, совпадение:+3, несовпадение:-4 - при данных условиях программа дает проноз только одного стебля, но при других испробованных мной комбинациях условий либо не прогнозируется никаких связей, совпадающих с рельными, либо получается смесь из небольшого количества реальных и большого количества несуществующих связей.

Изображение 1:Результаты предсказания структуры тРНК 1exd.pdb, полученные по алгоритму Зукера.

Поиск ДНК-белковых контактов в структуре ДНК-белкового комплекса

Скачать текст скрипта показывающего группы ДНК можно по ссылке.

Таблица 1:Контакты разного типа в комплексе 1xbr.pdb.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	6	67	73
остатками фосфорной кислоты	20	30	50
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	1	3
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	0	2

По данным в таблице видно, что наибольшее количество полярных связей образуется с атомы остатков фосфорной кислоты, наибольшее количество неполярных связей с атомати дезоксирибозы. Неполярных связей значительно больше, но они обладают меньшей энергией чем полярные, поэтому, скорее всего, несмотря на большее количество, имеют меньшее значение в связывании ДНК с белком.
Скачать текст скрипта можно по ссылке.

Изображение 2: связи ДНК с белком в комплексе 1xbr.pdb, изображения получены с помощью программы "nucplot". Наибольшее количество водородных (полярных) связей с белком образовано астомами остатков фосфорной кислоты в составе ДНК, что подтверждает правильность предыдущих наблюдений.

Изображение 3:аминокислотный остаток Arg67(A) и его связи с ДНК в комплексе 1xbr.pdb. Один из белков имеющих больше 2 прямых (не через воды) связи с молекулой ДНК.

Изображение 4:аминокислотный остаток Arg67(B) и его связи с ДНК в комплексе 1xbr.pdb. Почти симметричен по расположению относительно ДНК Arg67(A), но, по моему мнению имеет большее значение в распознавании последовательности ДНК благодаря соседнему Arg68(A), который связан, и с Arg67(A), и с ДНК (на данном иображении показан только Arg67(A)).

Третий семестр(осенний семестр 2018)