Таблица 1:отчёт о выполнении десяти упражнений.
Номер и название задания |
Исходные данные |
Команды с параметрами |
Результат |
|---|---|---|---|
1.Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл. |
seqret @list ecoli_sum.fasta |
||
2.Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы. |
seqretsplit fungi_sum.fasta -auto |
||
3.Из файла с аннотированной хромосомой в формате gb (из GenBank или RefSeq) или embl (из ENA) вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле. |
seqret @fragment Sacchar_gen.fasta |
||
4.Транслировать (с первого кодона, то есть в первой рамке) кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл. |
transeq Sacchar_gen.fasta -table 12 Sacchar_prot.fasta |
||
5.Вывести открытые рамки длиной не менее заданной, имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности. |
getorf sacchar_c.fasta -minsize 5000 sacchar_c.orf |
||
6.Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf. |
seqret alig.fasta msf::alig.msf |
||
8.Перевести аннотации особенностей из файла формата gb или embl в табличный формат gff. |
featcopy Sacchar_c.gb Sacchar_feat.gff |
||
9.Из данного файла с хромосомой в формате gb или embl получить fasta файл с кодирующими последовательностями. |
extractfeat Sacchar_c.gb -type CDS Sacchar_cds.fasta |
||
10.Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности. |
shuffleseq seq.fasta shaff_seq.fasta |
||
11.Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100. |
None |
makenucseq -amount 3 -length 100 random_seq.fasta -auto |
|
12.Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях. |
cusp Sacchar_gen.fasta codcount.cusp |
||
14.Удалить символы гэпов из выравнивания (превратив его тем самым снова в набор невыровненных последовательностей). |
degapseq alig.fasta nomorealig.fasta |
||
12.Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях. |
cusp Sacchar_gen.fasta codcount.cusp |
Команда для вызова скрипта:
python task4.py Sacchar_c.gb
Третий семестр(осенний семестр 2018)