Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Подготовка выравнивания гомологичных белков:
1.Протеомы выбранных бактерий (список представлен в предыдущем практикуме) перенесены в один файл.
2.Файл с протеомами преобразован в базу данных:

makeblastdb -in buct_proteomes.fasta -dbtype prot

3.Найдены гомологи белка CLPX_ECOLI:

blastp -db buct_proteomes.fasta -query CLPX_ECOLI.fasta -out prot_homo.txt -evalue 0.001 -outfmt 7

4.Из всех найденных белков выбраны, имеющий процент идентичности больше 35.

Список идентификаторов.

5. Белки вынесены в отдельный файл и выровнены программой muscle.

Изображение 1: филогенетическое дерево гомологов белка CLPX_ECOLI (построено программой MEGA).

Анализ:белки, принадлежащие ветвям 23 и 30 являются ортологами (относительно друг друга внетри каждой ветви), группы белков-ортологов обведены синим. Пары белков (7) и (13), (10) и (11)- это пары паралогов(отмечены фиолетовыми стрелками).

Четвертый семестр(весенний семестр 2018)