КОГ, к которому относится белок AKO92848.1 (acetoin utilization protein) был найден с помошью сервиса CCD.
Данный белок был отнесен к COG0123. Информация о COG0123:
Величина e-value для белка к данному КОГу: 3.73e-103.
Интервал (по остаткам) в белке, в котором обнаруживается КОГ: 4-342 (длина всего белка 377 ао).
Название КОГа: Acetoin utilization deacetylase AcuC or a related deacetylase (деацетилазы AcuC или другие родственные
деацетилазы утилизации ацетоина).
Функциональная категория КОГа: BQ.
Для обнаруженного в предыдущей части задания КОГа с помощью сервиса COGNAT было получено изображение геноного окружения.
Параметры запуска COGNAT: Neighborhood size - 7 (несколько запусков с большим значением не выявило никаких
закономерностей на расстоянии больше трех генов с каждой стороны), Occurrence Threshold - 5%, Taxonomy - Да
(чтобы понимать является близость генов возникшей независимо в нескольких группах (тогда более значима)
или общей для потомков одного предка). Полное изображение геномного окружения COG0123 в 711 прокариотических геномах.
Геномного окружения консервативного во всех наблюдаеых случаях обнаружено не было. Но было найдено 2 КОГа, встречающихся в окружении COG0123 в нескольких
таксономически удаленных группах прокариот. Эти 2 КОГа: COG1247 (L-amino acid N-acyltransferase YncA) и
COG1042 (Acyl-CoAsynthetase (NDPforming)) - в большинстве случаев встречаются в окружении совместно, поэтому можно предположить, что они каким-то образом (например функционально)
связаны между собой и с COG0123.
Изображение 1: геномное окружение COG0123 в двух таксономически удаленных группах. 1 стрелочка - 1 ген: светло-зеленые стрелочки - COG0123, темно-зеленые стрелочки - COG1247, фиолетовые стрелочки - COG1042.
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST были найдены гомологи белка AKO92848.1. Лучшая находка- белок Q4KBB7_PSEF5
(EMBL:AAY92630.1, Full=Histone deacetylase family protein). Найденный белок принадлежит бактерии Pseudomonas protegens Pf-5
(отличается от вида бактерий у которых синтезируется искомый белок).
Выравнивание искоого белка с возможным гомологом имеет
следующие параметры: P-value = 4.5e-82, количество
одинаковых аминокислотных остатков = 45%, схожих аминокислотных остатков = 65%. Этот белок очевидно не является идентичным
искомому, но достаточно высокая схожесть и малое значение P-value дают возожность предположить, что белки гомологичны.
В Таблице 1 приведены термены GO отнесенные к белку Q4KBB7. Мы предполагаем, что найденный белок гомологичен искомому, поэтому
возможно, что те же термены относятся и к AKO92848.1. Однако найденный белок проаннотирован только в базовых терминах, так
как данные для более глубокой классификации пока не были получены (подробнее тип достоверности ND в Таблице 2).
А значит и для искомого белка (предполагая гомологичность) мы пока имеем информацию только о базовых терминах, относящихся к нему.
Таблица 1:Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q4KBB7 (Q4KBB7_PSEF5).
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
|---|---|---|---|---|
Биологический процесс (Biological process) |
GO:0008150 |
biological_process |
биологический процесс |
ND |
Участие в молекулярных взаимодействиях(Molecular function) |
GO:0003674 |
molecular_function |
молекулярная функция |
ND |
Таблица 2:Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
|---|---|---|
ND |
No biological Data available |
Данный код присваивается в том случае, если не было найдено достоверных данных для отнесения белка к конкретному термину внутри базовых категорий: Molecular Function , Biological Process, или Cellular Component. |
Четвертый семестр(весенний семестр 2018)