Выравнивание

Познакомиться с выравниванием с помощью пакета EMBOSS и с программой Jalview для визуализации результата.

Описание

Из банка NCBI скачиваем последовательность белка и полный геном бактерии. Узнаем координаты гена белка, обратная или прямая цепь (у меня - обратная). Чтобы извлечь из скачанного нами генома кодирующую нуклеотидную последовательность используем команду seqret (seqret sequence.fasta[1118193:1119074] CDS.fasta), обращаем ее (revseq CDS.fasta CDS-revseq.fasta) и транслируем (transeq CDS-revseq.fasta translated.fasta). Визуализируем с помощью команды needle в Jalview. Никаких мутаций не нашли, значит все сделали правильно. Далее работаем с мутациями. Копируем обращенную последовательность в новый файл под названием mutatedCDS-revseq-N.fasta, где N-номер нуклеотида, который мы хотим мутировать. Делать это надо вручную в этом созданном файле. Затем транслировать (команда transeq mutatedCDS-revseq-N.fasta translated-N.fasta) и выполнить выравнивание с белком с помощью команды needle (needle -aformat fasta ACL75304.1.fasta translated-N.fasta alignment-N.fasta). Полученный файл alignment-N.fasta просмотреть в Jalview, составить таблицу.

Результаты вы можете скачать здесь