Описание генома бактерии Shewanella frigidimarina штамм NCIMB 400
Геном бактерии Shewanella frigidimarina штамм NCIMB 400, состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной молекулы ДНК. Он описан в записи NC_008345.1 базы данных RefSeq. Длина генома – 4845257 пар нуклеотидов.
По данным из записи NC_008345.1, в геноме закодировано 4199 генов. Из них 4029 кодируют белки, остальные 113 кодируют РНК. Указано 46 псевдогенов, т.е. последовательность нуклеотидов, ранее кодировавшая белок, но в процессе эволюции способность бактериальной клетки экспрессировать белки с этой последовательности была утрачена.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Shewanella frigidimarina NCIMB 400
АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. alpha-субъединица АТФ-синтазы закодирована на прямой цепи, см. рис.1, на котором ее ген обозначен Sfri_3056.
Рис. 1. Оперон АТФ-синтетазы. Интересующий нас ген выделен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI
( http://www.ncbi.nlm.nih.gov )
На рис.1 можно увидеть все со-направленные с Sfri_3056 гены. Более подробная информация об этих генах представлена в таблице 2. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 9 белков, из них 8 описаны как компоненты АТФ синтазы.
| № | Координаты гена в геноме | Ориентация | Индентификатор белка | Продукт гена по данным NCBI | Перевод названия гена на русский язык |
| 1 | 3,658,718..3,660,181 | +1 | YP_751726.1 | F0F1 ATP synthase subunit beta | β-субъединица АТФ-синтетазы типа FоF1 |
| 2 | 3,660,218..3,660,628 | +1 | YP_751727.1 | F0F1 ATP synthase subunit epsilon | ε-субъединица АТФ-синтетазы типа FоF1 |
| 3 | 3,660,829..3,661,206 | +1 | YP_751728.1 | F0F1-ATPase subunit, putative | Субъединица АТФазы типа FоF1, мнимая |
| 4 | 3,661,313..3,661,657 | +1 | YP_751729.1 | hypothetical protein | Гипотетический белок |
| 5 | 3,661,654..3,662,394 | +1 | YP_751730.1 | F0F1 ATP synthase subunit A | A-субъединица АТФ-синтетазы типа FоF1 |
| 6 | 3,662,426..3,662,707 | +1 | YP_751731.1 | F0F1 ATP synthase subunit C | С-субъединица АТФ-синтетазы типа FоF1 |
| 7 | 3,662,711..3,663,547 | +1 | YP_751732.1 | H(+)-transporting ATP synthase subunit B | B-субъединица АТФ-синтетазы |
| 8 | 3,663,531..3,665,084 | +1 | YP_751733.1 | F0F1 ATP synthase subunit alpha | α-субъединица АТФ-синтетазы типа FоF1 |
| 9 | 3,665,081..3,665,959 | +1 | YP_751734.1 | H+transporting two-sector ATPase subunit gamma | γ-субъединица |
Вернуться к 1 семестру