Поиск всех белков-компонентов АТФ-синтазы.
Для того, чтобы найти все белки - компоненты АТФ синтетазы, закодированные в геноме бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400, я воспользовалась базой данных UniProt, а именно следующими запросами, представленными в Таблице 1. Самый последний запрос привел меня к правильному результату. Таблица 1. Таблица запросов для поиска белков - компонентов АТФ-синтазы бактарии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 в Uniprot.
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina NCIMB 400" | 0 | Удивительно, но поиск дал ни одной записи белков организма Shewanella frigidimarina NCIMB 400 |
| Штаммы бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina" | 4012 | Полное название организма Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400) |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina NCIMB 400" AND organism:"NCIMB 400" | 0 | Опять ничего не найдено( |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina" AND organism:"NCIMB 400" | 3991 | Найдены все записи белков моей бактерии |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina" AND organism:"NCIMB 400" AND name:"ATPase" | 40 | Найдены посторонние АТФ-синтетазы |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina" AND organism:"NCIMB 400" AND gene:atp* | 11 | То, что нужно! |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | organism:"Shewanella frigidimarina" AND organism:"NCIMB 400" AND gene:atp* AND existence:inferred from homology | 11 | Все белки найдены из гомологии |
Всего удалось найти 11 компонентов АТФ-синтазы. Из них 9 вошли в базу данных Swiss-Prot, т.е. были просмотрены экспертами. Все компоненты получены из гомологии, т.е. существование белка вероятно, потому что очевидно существование ортологов в близкородственных видах. Гены белков можно разбить на две ко-локализованные группы: одна группа Sfri_3056, Sfri_3053, Sfri_3049, Sfri_3055 (кодируют alpha 1, a, beta 2, b субъединицу соответственно) и вторая Sfri_4047, Sfri_4051, Sfri_4045, Sfri_4049, Sfri_4048, Sfri_4044, Sfri_4046 (кодируют alpha 2, a, beta 1, b,delta субъединицы и epsilon и gamma цепочки соответственно). Результат поиска представлен на Рис.1. Здесь вы можете просмотреть файл с последовательностями в fasta-формате.
Далее я выполнила аналогичный поиск в полном геноме другого вида того же рода бактерии Shewanella oneidensis штамм MR-1. Запрос для этого поиска приведен в Таблице 2.
Таблица 2. Таблица запросов для поиска белков - компонентов АТФ-синтазы бактерии Shewanella oneidensis штамм MR-1 в Uniprot.
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| Геном бактерии Shewanella oneidensis MR-1 | organism:"Shewanella oneidensis" AND organism:"MR-1" AND gene:atp* | 9 | То, что нужно! |
Всего удалось найти 9 компонентов АТФ-синтазы. Из них 8 вошли в базу данных Swiss-Prot, т.е. были просмотрены экспертами. 8 из 9 компонентов получены из гомологии, и один белок (как раз тот, который в базе данных TrEMBLE) имеет статус прогнозируемый, т.е. белок не доказан и не выведен из гомологии. Гены белков ко-локализованны со SO_4746 по SO_4754. Результат поиска представлен на Рис.2. Здесь вы можете просмотреть файл с последовательностями в fasta-формате.
Для поиска гомологов я взяла альфа1-субъединицу. Гомологи - белки, имеющие гены с одинаковым происхождением. Для поиска я воспользовалась функцией Blast. По аминокислотной последовательности выбранной субъединицы, он нашел наиболее консервативные последовательности. В Таблице 3 приведен запрос. Что касается находок, то функция Blast ищет определенное, наперед заданное число. В моем случае это 250. Из них 19 в Swiss-Prot, 231 в TrEMBLE. Поскольку нас больше интересуют белки, находящиеся в базе данных Swiss-Prot, я устанавила фильтр по этому критерию. В итоге результат поиска представлен на Рис.3. Здесь вы можете просмотреть файл с последовательностями первых 10 гомологов в fasta-формате. Таблица 3. Таблица запроса для поиска гомологов альфа1-субъединицы АТФ-синтазы бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 в Uniprot.
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| Геном бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400 | >sp|Q07YM0|ATPA1_SHEFN ATP synthase subunit alpha 1 OS=Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400) GN=atpA1 PE=3 SV=1 MKLAPDLLQATFEQTFSILQQARRSFSPQLQPREIGTITSIATGIAKVSGLPGVGFEEIL KFPSDIFGIAFNVDEDEIGAVLLGDYWHLQAGDEVERCGHLVDVPVGEGLLGRIINPIGE PLDGKGRLIASARLPIERPSPAIMNRAPVSVPLQTGIKVIDALIPVGLGQRELILGDRQT GKTAIAVDTILNQRDKNVLCVYCAIGQRASGVAKVIATLHEQGALEYTVVVVTEGNDPPG LAYIAPYAATSIAEYFMQQGRNVLIVYDDLTHHARAYRELSLLLRRPPGREAFPGDIFYI HSRLLERATHLSPNLGGGSLTALPIIETEAQDISAYIPTNLISITDGQIYLSPSLFELGV LPAIDVGKSVSRVGGKAQRAAYRAVASNLKLAYAQFEELETFASFGARLDDSTLKTIDHG RRIRACLKQAESTPISMIEQIAVLLALTANLFDEVPLDVMSQAEHAVRAATADIPVEITA RLASTEKLTDEDRDGILQPVRDALAPFMHSQKRKEIT | 250 | То, что нужно! |
