Изображение молекулы

Учебный сайт Софроновой Алины

Изображение белка сукцинилглутамата десукцинилазы\аспартоацилазы (succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase) бактерии Shewanella frigidimarina NCIMB 400

Данное изображение белка, представленное на рис.1 получено в программе Jmol.
Индентификатор белка в базе данных Protein Data Bank (PDB): 3LWU.pdb.
Белок содержит только одну цепь - цепь А.
Здесь вы можете скачать и просмотреть файл (для этого нажмите на ссылку правой кнопкой мыши и выберите "Сохранить ссылку как...") с последовательностью данного белка в FASTA-формате из PDB-файла и из базы данных RefSeq. В файле уже выравнены последовательности. В последовательности из PDB-файла, помимо последовательности из базы данных RefSeq, в начале содержится цепочка аминокислот MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

Весь белок покрашен в цвет cpk, т.е. все атомы будут окрашены в соответствии с химической природой: атомы азота голубые, атомы углерода серые, кислорода красные, фосфора оранжевые и т.п. Для всего белка целиком я применила модель backbone, spacefill, wireframe. Для молекул воды (HOH), а также для ионов я выбрала шариковую модель cpk. Ион цинка (ZN) окрашен в пурпурный цвет, сульфат-ионы (SO4) окрашены черным, неизвестный лиганд (unl) в синий, а селенметионин (mse) в зеленый. Для вторичной структуры я выбрала модель backbone, поверх наложила модель spacefill с прозрачностью 0.3. Чтобы показать вторичную структуру белка я использовала разные цвета: для α-спирали желтый, для β-спирали красный.

Рис.1 Изображение белка (индентификатор 3LWU.pdb). Рисунок сделан с помощью программы Jmol. Ниже приведен скрипт:
load 3LWU.pdb background [250, 230, 250] select all cartoons off color cpk wireframe 100 rotate Z 105 rotate Y 40 rotate X -15 spacefill 150 color translucent 0.9 backbone color translucent 0.7 select HOH cpk 100 select ZN cpk 200 color purple select SO4 cpk 200 color black select UNL cpk 200 color blue select MSE cpk 200 color green select helix cartoons spacefill off backbone 100 wireframe off color yellow color translucent 0.3 select sheet cartoons spacefill off backbone 100 wireframe off color red color translucent 0.3

Рис.2 Изображение белка (индентификатор 3LWU.pdb). Рисунок сделан с помощью программы Jmol, используя выше написанный скрипт.

Для биологической единицы своего белка (индентификатор 3LWU.pdb) я применила выше написанный скрипт. Результат представлен на Рис.2. Получившиеся изображения (Рис.1 и Рис.2) полностью совпадают. Можно сделать вывод, что белок и его биологическая единица индентичны.

Далее приведена информация об этом белке из pdb файла:
1. TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF PUTATIVE SUCCINYLGLUTAMATE DESUCCINYLASE/ASPARTOACYLASE (YP_749235.1) FROM SHEWANELLA FRIGIDIMARINA NCIMB 400 (Кристаллическая структура мнимого белка сукцинилглутамата десукцинилазы\аспартоацилазы (индентификатор YP_749235.1) бактерии Shewanella frigidimarina штамм NCIMB 400 )
2. EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 RESOLUTION. 2.10 ANGSTROMS. (Метод расшифровки - рентгеноструктурный анализ с разрешением 2.10 ангстрем)
3. HEADER HYDROLASE 24-FEB-10 3LWU (Заголовок-гидролаза. Файл создан 24.02.2010 и имеет индентификатор 3LWU в базе данных PDB)
4. COMPND 3 CHAIN: A (Белок состоит из одной цепи A)
5. HETNAM MSE SELENOMETHIONINE HETNAM UNL UNKNOWN LIGAND HETNAM ZN ZINC ION HETNAM SO4 SULFATE ION (В состав белка входят селенометионин, замещающий метеонин, неизвестный лиганд, ион цинка и сульфат ионы)

Рис.3 Изображение вторичной структуры белка и лигандов. На Рис.3 можно увидеть вторичную структуру белка: α-спирали (изображены спиралями) и β-листы (сонаправленные и разнонаправленные стрелки). Переход цвета от красного к фиолетовому показывает начало и конец белка (Каждый Охотник Желает Знать Где Сидит Фазан)Шариковой моделью cpk представлены лиганды: ион цинка(zn), сульфат-ион(so4), неизвестный лиганд (unl).

Вернуться к 2 семестру