В PDB файле указаны 3 лиганда: ион цинка, сульфат-цинка и неизвестный лиганд. Остановимся на каждом по-отдельности. Сульфат-ион, скорее всего, не является артефактом данного белка, т.к. находится на довольно большом расстоянии от белка и не связан с ним никакими химическими связями. Ион цинка и неизвестный лиганд связаны между собой водородной связью. Можно предположить, что этот неизвестный лиганд - сукцинил-глутамат (название лиганда встречается и в названии белка). С цинком он связан одной из своих карбоксильных групп. Далее в качестве лиганда данного белка будем рассматривать сукцинил-глутамат с цинком. На Рис.2 на данной странице изображение белка со всеми его лигандами. Белок выполнен в модели cartoons , а лиганды в модели cpk. Справа, на Рис.1, приведена химическая формула сукцинил-глутамата.

      На Рис.2 и Рис.3 изображен сукцинил-глутамат и ион цинка. На Рис.2 приведено изображение лиганда, как оно дается в PDB-файле,т.е. 12 атомов кислорода. Рис.3 демонстрирует предполагаемое расположение атомов: серый цвет-углерод, красный-кислород. К сожалению, о расположении сукцинила млжно только догадываться, от него остались только 2 атома кислорода.