Для этого практикума были взяты последовательности из данного файла . Выравние целиком представлено на Рис.1.
Для поиска мотива я воспользовалась первой опцией сервиса ScanProsite, правда для этого мне пришлось удалить из fasta-файла все гепы и последние 4 последовательности, т. к. для этой опции можно использовать не более 10 последовательностей. В результате для 9 последовательностей был найден мотив (индентификатор PS00290), представленный на Рис.2. Во множественном выравнивании мотив занимает с 389 по 395 позицию.
Рис.2. Мотив. Раскраска Clustalx. Консервативность более 70%.
Я составила вручную сильный и слабый паттерн по этому мотиву.
Сильный паттерн:
В результате в базе данных Swiss-Prot было найдено 155 последовательностей. А в базе данных TrEMBL было найдено 8939 последовательностей и 8941 участков.
Слабый паттерн:
В результате в базе данных Swiss-Prot было найдено 497 последовательностей и 508 участков, подходящие под паттерн. А в базе данных TrEMBL было найдено 10000 последовательностей (на самом деле их гораздо больше, просто был установлен лимит на 10000) и 10045 участков.
Сервис ScanProsite предложил свой паттерн:
В результате в базе данных Swiss-Prot было найдено 718 последовательностей и 766 участков, подходящих под паттерн. А в базе данных TrEMBL было найдено 10000 последовательностей (на самом деле их гораздо больше, просто был установлен лимит на 10000) и 10050 участков.
В итоге сильный паттерн оказался очень сильным, по сравнению со слабым и предложенным сайтом.
Вернуться к 2 семестру