В итоге было найдено 14 рамок счиывания: 5 напрямой цепи и 9 на обратной. С файлом можно ознакомиться здесь. На прямой цепи найденные рамки не перекрываются, единственно что вторая находка (координаты 1336-1539) полностью принадлежит третьей (координаты 969-1910). Можно предположить, что вторая рамка найдена ошибочна. На обратной же цепи множество перекрываний генов. Шестая рамка (2420-2229) принадлежит седьмой (2554-2054), небольшое перекрытие наблюдается между 7-8 находкой (42 а.о). Почти полное наложение между 9 (1869-1663) и 10 (1865-1641) рамкой. 12,13 и 14 находки перекрывают друг друга по достаточно длинным участкам (длиной более 150 а.о.).

        Далее для каждой найденной рамки я провела поиск гомологов. Я использовала standalone blast с использованием удаленного доступа к базе данных данных Swiss-Prot (опция -remote). Итоговая команда:

blastp -query sofronova.orf -db swissprot -out blast.out -evalue 0.001 -outfmt 7 -remote

В результате был получен файл - blast.out. Результаты меня удивили, нашлись гомологи только для первой рамки считывания, причем сразу 86 гомологов! Я выбрала лучшую находку. Так же я сочла маловероятным, что 3,7,11,13 рамки нашлись ошибочно - их длина более 400 а.о. Данные о рамках считывания представлены в Таблице 1.

Таблица 1. Результат поиска открытых рамок считывания данного контига, используя blast и getorf

Начало	Конец	Длина в а.о.	Цепь	Описание
27	911	885	+	Глюкокиназа
969	1910	942	+	Гипотетический белок
2054	2554	501	-	Гипотетический белок
1176	1592	417	-	Гипотетический белок
219	722	504	-	Гипотетический белок

        Предскажем гены для этого контига другим способом, а именно используя программу GeneMark. В результате был получен pdf файл с графиком кодирующего потенциала - genemark.pdf, а так же файл с рамками - genemark.fasta. GeneMark обнаружил три открытые рамки считывания. Информация о них приведена в Таблице 2.

Таблица 2. Результат поиска открытых рамок считывания данного контига при помощи GeneMark

Начало	Конец	Длина в а.о.	Цепь
27	914	888	+
969	1913	945	+
2051	2527	477	-

        Все эти рамки предказывал и поиск при помощи getorf. Но координаты отличаются на 3 а.о. - стоп-кодона, и для третьей находки плюсом сдвинута первая координата на 27 нуклеотидов в сторону уменьшения гена. Это связано с тем, что рамка началась с другого старт-кодона. Но blast нашел гомологов только для первой находки. Проанализируем график кодирующего потенциала. График первой рамки считывания (Рис.1) имеет по середине огромную и довольно продолжительную впадину - возожно здесь не один, а два гена. Но так как поиск blast дал результаты для этой рамки, то скорее всего она все же одна.

Рис.1. График кодирующего потенциала для первой рамки считывания

        Для второй рамки (Рис.2) аналогичная ситуация. Причем второго кусочек рамки (после впадины) начинается со старт-кодона, поэтому вероятнее всего это все же два отдельных гена.

Рис.2. График кодирующего потенциала для второй рамки считывания

        Третья рамка с совсем небольшим углублением, поэтому с большим процентом уверенности можно сказать, что эта одна открытая рамка считывания.

Рис.3. График кодирующего потенциала для третьей рамки считывания

        Визульная картина найденных рамок считывания для первого и второго поиска представлена на Рис.4.

Рис.4. Визульное изображение открытых рамок считывания. Синие - найденные при помощи blast+getorf, красные - при помощи GeneMark. Бледным цветом отмечены те рамки, которые нашлись только первым способом. Начала и концы стрелок соответствуют координатам рамок.

        При изменении эвристических параметров на MetaGeneMark результаты не изменились. Файлы получились идентичные. Полученные файлы - genemark2.pdf, genemark2.fasta.

Вернуться к 3 семестру